西红柿苗期最易发生的病害主要有五种：猝倒病、立枯病、晚疫病、高温障碍以及沤根。其中前三种属病理性病害，后两种属生理性病害。
1、猝倒病在幼苗出土后遇到连续阴天降雨最易发生，茎基部生水渍状病斑，继而绕茎缢缩，幼苗倒伏死亡，防治方法是避免阴雨天浇水，及时放风防止空气湿度过大。可喷施72.2%的普力克水剂600倍液，或60%的氟吗锰锌可湿性粉剂800倍液防治。
2、立枯病是由于立枯丝菌核引起，播种过密或间苗不及时，温度过高时发病重，多在定植后发生，表现为病茎基部颜色变褐，后病部变细缢缩，茎叶萎蔫，最明显的症状是幼苗白天萎蔫，夜间恢复，当病斑绕茎一周时，幼苗逐渐枯死，不倒伏。可喷施20%的甲基立枯磷乳油1000倍液或95%的恶霉灵原药3000倍液防治。
3、晚疫病苗期易发生。西红柿定植后，夏季雨水多，棚膜覆盖不严，雨水进棚易引发晚疫病。发病迅速，如不及时防治，很快死亡。晚疫病会使幼苗茎秆变细呈黑褐色，致全株萎蔫或倒地而亡，湿度大时病部表面生白霉。防治的药剂同猝倒病。
4、夏末还要防高温障碍和沤根，这两种病害属生理性病害。白天温度超过35℃持续时间长，易引起高温障碍，使苗期花芽分化不良，表现为花少、花小、易落花，甚至影响后期果实红色素的形成。浇水次数过多过量容易发生沤根，多发生在定植后，此时幼苗不易长新根，幼根表面开始锈褐色，后逐渐腐烂，叶片变黄，严重的萎蔫枯死。要设置遮阳网遮阴降温，配合前后通风防高温，也要及时松土，增加土层的通透性，冲施嘉美红利并喷施嘉美金点800-1000倍液2-3次增强抗病性。
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