亚硝酸盐是氨转化为硝酸盐过程中的中间产物，亚硝酸盐对鱼、虾的毒性较强，是养殖水域中诱发暴发性疾病的重要因素。当水中亚硝酸盐浓度积累到0.1毫克/升后，鱼、虾红细胞数量和血红蛋白数量逐渐减少，血液载氧能力逐渐减低，而造成鱼、虾慢性中毒，此时鱼、虾摄食量降低，鳃组织出现病变，呼吸困难、骚动不安或反应迟钝，严重时则发生暴发性死亡。
处理的办法有：①开动增氧机或全池泼洒化学增氧剂，使池水有充足的溶氧，以促进亚硝酸盐向硝酸盐的转化，从而降低水体中亚硝酸盐的含量。②使用氨离子螯合剂、活性炭、吸附剂、腐植酸聚合物等复配合成的水质吸附剂如亚硝酸盐降解剂，通过离子交换作用，吸附或降解亚硝酸盐。③使用芽孢杆菌、光合细菌、硝化细菌、放线菌等微生物制剂如活水宝，通过微生物分解亚硝酸盐。
氨氮产生的主要原因是过剩残饲和鱼、虾大量排泄物的累积及过度施肥而造成。正常养殖水体氨氮一般不超0.2㎎/l为宜。氨氮对鱼、虾的危害，相似于亚硝酸盐。氨氮毒性与池水的ph值及水温有密切关系，一般情况，温度和ph值愈高，毒性愈强。
处理的办法除可采用增氧和使用微生物制剂等亚硝酸盐的处理办法外，还可选用：①氧化剂如二氧化氯全池泼洒。②泼洒沸石或活性炭，一般每亩分别用沸石15公斤～20公斤和活性碳2公斤～3公斤，可吸附部分氨氮。③培植、种植水生植物，可占全池面积1／100 ，以吸附氨氮等有毒物质。
硫化氢在缺氧条件下，由残饵或粪便中的含硫有机物经厌氧细菌分解而产生。硫化氢可与水底泥中的金属盐结合形成金属硫化物，致使池底变黑。硫化氢有臭蛋味，具强烈刺激、麻醉和影响鱼类呼吸作用，对鱼类具有较强毒性。在养殖水体中硫化氢的浓度应严格控制在0.1mg/l以下。
控制硫化氢具体措施：①提高水中含氧量。②严重的鱼池可每亩泼洒 300毫升～500毫升双氧水及放入一定量的铁屑。
ph值是水质的重要指标。ph值低可使养殖鱼、虾血液中的ph值下降，削弱其血液载氧能力，尽管水中的溶解氧较高，还是要造成鱼、虾生理缺氧症，经常浮头，且生长受阻或患病。ph值过高则可能腐蚀鱼虾鳃部组织，使鱼虾等失去呼吸能力而大批死亡。另外，水中的ph值过高或过低，均会造成水中的微生物活动受到抑制，有机物不易分解。淡水养殖ph值一般控制在6.5～9.0之间，最佳ph值范围为7～8。
处理ph值偏低：①用生石灰调节，每次每亩用10公斤～15公斤。②少量多次用氢氧化钠调节，先调配成1／100原液，再用1000倍 水冲稀泼洒。③加速培植浮游植物，促使藻类繁殖茂盛。
处理ph值偏高：①注入新水。②施用明矾，每亩可用0.5～1公斤加以控制。③用盐酸调节，一般每亩用300毫升～500毫升，充分稀释后全池泼洒。