1）加强原水前处理，改善补充水水质
原水中的悬浮粒子、色度物质和其他有机物含有微生物需要的营养，尤其是用地表水作补充水时，污染物质含量更多，需要进行前处理去除。常用混凝和过滤方法作为前处理工艺。
2）投加杀生剂
投加杀生剂是目前循环水微生物控制较为成熟、有效的方法之一。杀生剂又称杀菌灭藻剂、抑制菌剂或杀菌剂等。分为氧化性和非氧化性杀菌剂两大类。
（1）常用氧化性杀生剂。
①氯和次氯酸盐。氯是最常用的杀菌剂，具有高效、快速、广谱、经济、使用方便等特点，对动物性浮游生物和细菌类特别有效，一般只要有 0.5~1 mg/L 余氯维持就可以抑制冷却水中大部分微生物。
②二氧化氯（ClO2）。用二氧化氯作杀菌剂具有剂量小、作用快、效果好的优点。它是一种强氧化剂，其氧化杀生能力是氯的 25~26 倍。
③氯化异氰尿酸。通常使用的是二氯化异氰尿酸钠（DCCNa，商品名为优氯净）、二氯化异氰尿酸钾（DCCK）及三氯化异氰尿酸（TCCA，商品名为强氯精）。浓度在 30~40 mg/L杀生效果较好。
④溴及溴化物。溴为棕红色发烟液体，其性质与氯相似，溶于水后反应生成次溴酸，起氧化杀生作用。次溴酸也可电离，电离后生成 HOBr 和 OBr-，而在高 pH 值的条件下，溴的杀生能力是强于氯的。⑤臭氧。杀生速度较氯快300~600 倍，杀生后分解为氧，对环境无任何污染。
（2）常用非氧化性杀生剂。
①氯酚类。氯酚类化合物是一类应用较早的杀生剂，主要有一氯酚、双氯酚、三氯酚及其钠盐等。
②季铵盐。季铵盐是一种阳离子表面活性剂，广泛应用于冷却水中微生物的控制。它具有较强的杀菌作用，杀灭大多数微生物，具有良好的渗透性和分散性，与大多数水质稳定剂和处理剂相溶，可在较宽的 pH 值范围内使用，对鱼类等毒性小，易于降解，污染小。
③二硫氰酸甲酯。二硫氰酸甲酯又称二硫氰基甲烷，是一种使用广泛的有机硫杀生剂，其形态为黄色或近于无色的针状结晶。二硫氰酸甲酯是一种广谱杀菌剂，对细菌、真菌、藻类和原生动物有很好的杀灭作用，尤其对硫酸盐还原菌有较好的杀灭作用。
④异噻唑啉酮。异噻唑啉酮是一类较新的广谱杀生剂。异噻唑啉酮衍生物纯品的制备和分离工艺比较复杂。用于水处理杀生剂不需分离纯品，只需一步合成这两个异噻唑啉酮衍生物的混合物即可。
⑤戊二醛。戊二醛是一种高效、快速、广谱的杀菌剂，具有水溶性，可与水以任何比例溶解，加水无色、无臭、无腐蚀，适用pH值范围广，能耐高温，是硫酸盐还原菌的专用药剂，本身可以被生物降解。戊二醛的杀生作用主要是对微生物细胞中蛋白质的交联作用。
⑥酰胺类。某些酰胺类化合物对微生物具有很强的杀灭能力。是一种高效广谱的杀生剂，其特点是容易水解，高 pH 值，加热，紫外照射均可加速降解。容易被还原剂脱溴变为无毒的氰乙酸铵而失去杀生活性。在碱性条件下不稳定，一般限用于pH 值＜ 7.5 或 8.0 的系统。
（3）杀生剂使用注意事项。
①杀生剂应与分散剂联合使用。使用分散剂的目的在于分散剂可以把杀死的微生物尸体分散在循环水系统中，可以把污泥从金属表面剥离下来，露出下面没有杀死的微生物，有利于杀生剂的药性会发。杀生剂和分散剂联合使用可明显提高杀生剂使用效果，药性得以充分挥发。
②杀生剂要交替使用避免微生物产生抗药性。由于微生物的抗药性特别强，长期单一的投加杀菌剂会是微生物产生抗药性，因此氧化性杀菌灭藻剂和非氧化性杀菌灭藻剂要交替投加使用。
③温度和 pH 值对杀生剂使用效果的影响。循环水系统温度升高，杀生剂的效果变差，如季铵盐等，温度升高，季铵盐杀生效果变差。pH 对杀生剂的效果有很大影响，所以循环水系统 pH值要保持在稳定状态。
④投加方式。一般考虑冲击式投加药剂，一次性投加大剂量的杀生剂可以让微生物的数量急剧降低，使微生物不易恢复到原来的状态。
⑤浓缩倍数对杀生剂投加量的影响。浓缩倍数低，药剂在循环水系统中停留时间短，杀生剂的效果得不到更好的挥发，既浪费药剂，又浪费水资源。一般循环水系统浓缩倍数控制在 3~5 即可。
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