我们都知道机器正常运转都会产生热量，而热量从哪里来的？热量就是一部分的功率，热量大就减少了功率，效率就降低了，这就是为什么很多机器都有冷却系统。柴油发电机的热量主要是来自工作时发电机定子线圈内阻产生的热量。任何电源都有内阻，输出电流越大的电源，内阻就越小。内阻可以看做串联在电路中的一个负载，根据功率公式P=I^2R,即功率与电流的平方成正比，与电阻成正比。只要发电机处在发电输出状态，它的内阻就会消耗一部分功率，并以热的形式表现出来。
风冷的以风作为冷却介质，直接用风来冷却柴油发电机，水冷的以水作为冷却介质，然后再通过散热水箱和风扇来散热，两者功能上都是把热量散发在空气中，对于使用上没有太大的区别，只是风冷适用于高原或缺水或寒冷的地方，可以不必考虑加水、沸点、冻结等方面的问题；水冷在高原使用时水的沸点降低，高寒的地方在停机时容易冻结，但可以通过加入一定比例的添加剂来改善沸点和冰点，此外水的传热性能比较好。其实两者在使用上基本上没有环境条件的限制。
风冷机组最大的优势就是结构简单、利于维护、故障率低、启动性能好，所需空气量少，更易实现封闭，热效率高，风扇消耗功率低，油耗也较低，没有冻裂或过热沸腾危险，但受到热负荷和机械负荷限制，功率一般都比较小。柴油发电机组机组整个故障比例中占一般以上就是水冷系统的问题。风冷机组道依茨做的比较好。水冷机组知名品牌很多，像威尔信、卡特、科勒、MTU、康明斯······
而水冷发电机的最大优势就是效率高，降温来得快，同时，机体自身的功率转化率提高了。
