柴油发电机组的保护配置有：
1、纵差动保护
纵差动保护用于应对发电机定子绕组及其引出线的相间短路故障，动作瞬时断开发电机开关、停机并灭磁。由于该保护可以无延时的对应保护范围内的各种故障，所以，纵差动保护是发电机内部相间短路的主保护。
2、横差动保护
对于2个以上的分支且为双星形联结的发电机组，其每个分支都有含引出线的定子绕组，都装设有横差动保护，用反应定子绕组的匝间短路。横差动保护的动作结构与纵差动保护相同。
3、零序保护
电力系统在正常状态下，其系统电流、电压只有正序分量。当电力系统出现故障时，三相电流就变得不对称了，这就需要用正序、负序和零序对系统电压进行分析。
零序保护就是当发电机电压电路的接地电容的电流（未经销弧线圈补偿）大于或等于5A时，保护动作跳闸、停机、灭磁。当接地电容的电流小于5A时，保护电路发出动作信号。
4、过电流保护
发电机定子绕组过电流保护的作用是：当绕组发生短路，而短路元件的保护电路或断路器不动作时，过电流保护动作。因此，常将过电流保护称之为发电机的后备保护。对单机容量为50MW及以上的发电机，一般装设负序过电流保护及单相低电压起动的过电流保护。
5、过负荷保护
过负荷保护是当小型发电机长时间超过额定负荷电流运行时，针对一相电流的过电流保护。大型发电机装设有定子过负荷保护和励磁绕组过负荷保护；而中小型发电机一般只装设定子过负荷保护。
6、过电压保护
当发电机突然甩开负荷而引起定子绕组发生过电压时，过电压保护动作，断开开关、停机、灭磁。
7、转子一点接地保护和两点接地保护
发电机转子一点接地保护用于应对发电机转子电路一点接地故障。它采用乒乓式切换原理，轮流采样转子电路正极和负极对地电压，计算出转子接地电阻和接地位置。经延时2s保护动作于信号。一般中小型发电机组只装设一点接地保护，大容量机组装设有一点接地保护和两点接地保护。一点接地保护动作于信号，两点接地保护动作于停机。
8、失磁保护
发电机失磁保护是用于应对发电机励磁电流异常下降或完全消失的故障。当不允许失磁运行时，连跳发电机断路器发出保护信号。对于单相容量100MW以上的发电机及采用晶闸管励磁方式的机组，均装设有专门的失磁保护。
9、过励磁保护
发电机过励磁保护是用于应对发电机因频率降低或者电压过高引起定子铁心工作磁通密度过高的一种保护。其保护动作分为高、低两端定值：低定值经固定延时5s发出信号和降低励磁电压；高定值经反时限动作于解列（断开发电机出口开关的操作）灭磁。
