1.场所安全管理制度和程序：企业应建立检查、阻止未载明的货物和未经许可的人员进入场所、货物装卸和储存区域的书面制度和程序；进出口货物进出的区域应设有隔离设施，以防止未经许可的人员进入。
2.人员培训：企业须建立供应链安全意识培训制度，对员工进行供应链安全意识的日常培训，员工要了解企业应对某种状况以及进行报告的程序，尤其是对发现可疑人物进行处置的相关规定。
3.信息系统追究制度：企业须建立书面的非正常使用信息系统的追究制度，将非法使用情况（如未授权使用电脑、外来存贮媒介、USB、盘碟等情形）包含在该制度中，并对非正常使用进行识别、鉴定和追究，同时保存有关记录。
1.对AEO认证利害关系认知不足：AEO认证具有一定复杂性，认证周期也相对较长，一些企业可能因此对AEO认证不够了解，导致申请过程中出现问题。
2.高层理解偏差：企业高层对AEO认证的理解和支持对于申请的成功至关重要，如果高层对此存在误解或不支持，那么申请的难度会大大增加。
3.申请能力定位不准确：有些企业可能过分相信自己的能力，认为申请AEO认证轻而易举，而有些企业则可能过分担心自身能力，觉得自己无力申请。这两种情况都可能导致申请过程中出现问题，前者可能因为过于自信而忽视细节，后者则可能因为缺乏信心而未能充分展示企业的实力。
B.企业自身违规行为注册地址与实际地址不一致，或者规模不够、规章制度不够清晰等。这些情况都可能导致海关直接否决企业的AEO认证申请。
C.海关管控与企业管理问题1.海关对中小型企业管控不健全：目前海关主要对认证公司建立了相对完善的动态性管理方案，而绝大多数中小型企业没有参加海关认证，海关仅根据当场出口报关信息来管理。这可能导致一些中小型企业在申请AEO认证时面临困难，因为他们的管理体系和运营规范可能没有达到海关的要求。
2.企业管理与认证要求不符：部分企业在内控制度、经营情况、贸易安全性层面与海关AEO认证要求不相符合，本身管理模式和管理设备落后，成为申请AEO认证的主要阻碍。
D.其他方面部分中小型企业对AEO认证规章制度欠缺正确对待，没有将AEO认证上升到公司发展战略层面，且认为违背海关相关法律法规的成本会低于AEO认证成本。