1． 增加河流形态的空间异质性的原则
如果一个地区充斥着单一的小生物的环境，那么这个地区的生物量就会很少。反之，如果这个地区的生物环境内的空间异质性越高，那么就会创造出更多的小生物的环境，生物的多样性自然而然就会增加，生物的密度也会提高，整个生态系统就会更加完善。2 1世纪是人类活动日益频繁的时期，因此许多大规模、持续时间长的治理河流的工程就产生了。但是这些频繁的人类活动对河流带来了许多负面的影响，比如：河流生境的多样性减少，变得单一枯燥。许多自然的河流出现渠道化的现象以及非持续化的现象加重。这些问题使得河流的生态系统遇到不同程度的退化问题。而生态水利工程的出现就是为了解决这一问题，为了提高河流环境的生物多样性以及恢复周围的环境。一般人们会对生态水利工程产生一定的误区，比如认为生态水利工程就是在河流的周围种植一些花花草草，将周围进行一定程度的绿化。或者是简单的认为引进一些鱼类和鸟类到河流的生态区。其实，生态水利工程并非只是提高生物的多样性，而是重点放在河流异质性的提高上。只有提高河流形态的异质性，才会更加符合自然河流的地理学原理，才能为生物的多样性创造更好的条件。
2． 景观的尺度和整体规划原则
对于生态水利工程，不论是规划还是管理都应该在一定的基础上进行，比如：大景观的尺度，长期的保持可持续性。生态水利工程的规划一定不要在小范围、小尺度以及时期短的基础上进行，同时也应该避免零星的规划和布局。高效率是在进行大景观规划时应该注意的原则。对于一些小范围的生态修复，它的工作效率是很低下的，同时成功的概率也很小。生态系统的整体性很重要，整体性一般比较注重结构和功能，这样才能有效的掌控整个系统的各个要素以及各要素之间的相互作用。在此基础上，可以提出修复河流整体的综合办法。关于河道生态系统的治理要从整体出发，要将河道水文的修复问题考虑在内，不要盲目的认为河流生态的治理就是保护单一的动物或者是将河流的植被进行修护。
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