RNA在细胞内的动态过程极为复杂，涵盖表达、剪接、定位、翻译及降解等多个环节，且这些过程在时空上受到高度协调与严密调控。为了深入解析不同RNA的生物学功能，开发具备高时空分辨率的监测手段至关重要。近年来，荧光RNA（FRs）作为一种类似荧光蛋白的新型工具应运而生。这类工具由RNA适配体及其对应的荧光生色染料组成，为活细胞内RNA动态成像提供了极具前景的解决方案。
研究团队近期报道了多种高性能荧光RNA，包括Pepper、Clivia和Okra。这些新型标记物展现出显著优势，如细胞内亮度高、光稳定性强、对离子依赖性低以及斯托克斯位移大等特性。目前，它们已被成功应用于活细胞中多种RNA物种的成像研究。该协议提供了一套简便、高效且通用的策略，旨在通过表达带有单个或多个适配体拷贝的目标RNA，实现对细菌和哺乳动物细胞内不同RNA物种的可视化。
除了基础成像，该指南还详细阐述了利用正交荧光RNA进行多重RNA成像的具体流程，以及执行RNA超分辨率活体成像的操作步骤。整个实验周期通常需5至7天，涵盖克隆构建、哺乳动物细胞转染或细菌转化、活体成像及数据分析等关键环节。该技术特别适用于实时监测活细胞中目标RNA的定位与动态变化过程。
值得注意的是，该研究的主要完成单位来自中国，相关成果得到了国家重点研发计划及国家自然科学基金等项目的强力支持，标志着中国在RNA成像工具开发领域已处于国际前沿。对于中国科研工作者而言，掌握Pepper、Clivia等新型荧光RNA标签技术，将极大提升对非编码RNA及mRNA在单分子水平动态行为的解析能力，为药物研发及疾病机制研究提供强有力的技术支撑。