影响消毒效果的因素主要有：
1、吸附作用
季铵盐类清毒剂易被各种物体表面所吸附，如针头。纱布、棉花球。玻璃器材和微生物都能降低季铵盐类消毒剂的有效浓度。同时由于吸附作用，进行高浓度消毒液杀微生物试验，无法用稀释法降低其对微生物的抑制作用。
2、有机物质
有机物质如血清等能降低季铵盐类的杀菌浓度，严重者可降低其浓度95％以上。因此消毒前应去除物品上附着的有机物质。
3、酸碱度和水质
酸碱度和水质均能影响季铵盐类消毒剂的杀菌效果该类消毒剂在碱性溶液中，杀菌效果较强。在pH为１０时，效果zui好，pＨ为１３时作用很差。因此配制该类消毒液时，应将pH调至１０。
4、温度
温度对季铵盐类消毒剂的杀菌作用有明显的影响 温度高杀菌效果好，反之则差。
5、水的硬度
季铵盐苯扎溴铵可与钙、镁、铝等金属离子产生白色沉淀而降低了杀菌作用。
6、拮抗物的影响
某些阴离子表面活性剂对阳离子季铵盐类有拮抗作用。如肥皂、卵磷脂、洗衣粉、吐温80、牛奶、牛胆汁等物质。