食用菌生产的流程不管是大棚生产还是工厂化还是基本一样的，由先是原料准备----装袋-----灭菌---制种（分为液体制种和固体种）------接种-------养菌------出菇（耳），这个过程都是不变的。而在几乎所有的食用菌生产厂家中，接种车间的卫生环境是关系到整个食用菌生产，自然空气中含有各类的“杂菌”，如在接种、制种环节中受到污染，会大大影响接种成功率及日后食用菌外形长相的美观度。
臭氧在食用菌种植领域的应用：食用菌种植最头疼的就是接种环节，因为此环节一旦感染杂菌，那就会造成极大的损失。近几来，一些食用菌机械生备生产企业，利用臭氧进行接种环节的消毒，取得了非常好的效果。
（1）可使接种空间达到百级无菌净化，臭氧杀菌能力是化学药剂的几十倍，且不产生抗药性，可从根本上解除菇农接种难怕感染的烦恼。
（2）生产绿色、有机食用菌。臭氧是世界公认的高效杀菌而不造成农残的消毒物质。臭氧（o3）不是添加的化学药剂，是由空气中的氧气（o2）激化形成的氧元素气体，瞬间完成杀菌后又很快还原为氧气。食用菌空气净化接种机，创造无菌接种空间不用药，无农残！
（3）化学药剂不仅造成农残，还损伤工作人员健康，挫伤菌种活力，对人员和菌种也是一次薰杀。而采用食用菌空气净化接种机，让生产食用菌的人健康工作，让食用菌在健康环境下生长，让吃食用菌的人更加健康，达到“人菌共健康”。
（4）采用臭氧消毒，一次净化可让你在无菌净化的空间自如接种，和接种箱接种比较，省略了入箱、封箱、熏蒸、出箱等环节，而这些工序，占到接种时间和劳动量的50%以上。
（5）节约成本、增加效益。
其方法是；
（1）将臭氧发生器直接放在食用菌培养室，接菌室入门口上方或放在离地面2m-2.5m的地方加以固定，对洁净区进行消毒灭菌
（2）大的食用菌厂可以将臭氧发生器放在食用菌培养室，接菌室的外面，通过管道将臭氧打入各输入口中，然后被送入各洁净区，或采用台式自带风机臭氧发生器，多点设计将臭氧散布在洁净区内，统称为外置式臭氧发生器，外置式臭氧发生器安装检修方便。
（3）采用臭氧发生器连接导气管和曝气系统，在食用菌培养室，接菌室，黑木耳深加工厂顶部布设曝气管网，将臭氧送入洁净区。特别是在食用菌生产前把各菌房用臭氧提前杀菌消毒。几种方法消毒效果都是一样的。从使用臭氧进行灭菌的食用菌厂的检测报告可看到，菌检全部合格，完全替代了令人头痛的甲醛，硫磺熏蒸大消毒同时，能耗减少，人身健康，取得了满意效果。