有机肥种类繁多，其加工原料十分广泛（这里主要介绍农村适用的畜禽粪便加工有机肥），肥料性质也千差万别，从肥料角度归纳，它在农业生产中主要起到以下几个方面的作用：
1、 提供作物生长所需要的养分
有机肥料富含作物所需要的全量养分，能源源不断地提供给作物生长，除矿质养分以为，有机质在土壤中释放出来的二氧化碳可作为作物光合作用的原料，有利于作物产量提高。提供养分是有机肥最基本的特性，也是有机肥料最主要的作用。与化肥相比，有机肥料在养分供给方面有以下显著优点：
（1）养分含量全面。有机肥料除含有作物生长必需的营养元素外，还含有其他一些生长因子，以及一些未知的能促进作物生长的因素。这是化学肥料中所没有的因子，也是导致施用化肥作物产品口感等不如有机物质的重要原因，有机肥料中如此繁杂的成分和作用是化肥望尘莫及的。
（2）养分的释放时间长。有机肥料中的养分主要是以有机态的形式存在，它们的释放需要微生物的协助，且有机物质结构复杂，养分容易被固定在其中，不易被雨水淋失，得以长期释放。而化学肥料则是速效肥料，溶解快，见效快，但易于淋失，以至于土壤中养分后劲不足，且易导致河水富营养化而污染。
（3）养分含量低。单纯的有机肥料单一养分含量较化学肥料的含量低，没有化学肥料成效快，所以在施用有机肥料的同时应适当添加化学肥料，弥补其见效慢的缺点。
2、改良土壤结构
施用有机肥，可以从土质方面改良土壤；改善土壤透气、保肥和保水的能力。
（1）提高土壤有机质的含量。土壤中有机质的含量是土壤养分含量的重要指标。在施用了有机肥料后，经过一段时间的转化，其中有机成分会转化为腐殖质等形态，这些深色的胶体在养分吸附、改善土壤团粒结构等方面起着重要的作用。
（2）增加土壤保水、保肥的能力。有机肥料施用后能够转化为有机胶体，这些胶体有着巨大的表面积，对可溶性养分有这很强的吸附能力，增强了土壤的保肥能力。有机肥料还可以提高土壤的孔隙度，从而提高土壤的透水性和透气性，而腐殖质的吸水能力是普通粘土粒的10倍，加之已经改善了土壤的孔隙度，所以能提高土壤的保水性。
3、促进土壤微生物活动
有机肥料本身是微生物活动的重要场所，其中含有大量的养分和空气，会促进土壤中微生物的活力，而且有机肥料的生产过程就是利用了大量的微生物，这些微生物能通过自身的生命活动来固定空气中的氮、释放土壤中的磷等一系列行为，有利于提高土壤养分，同时微生物还会分泌特殊功能的因子，促进作物的生长。