慈善基金会分面向公众募捐的公募基金会和不得面向公众募捐的非公募基金会两种。公募基金会，如中华慈善总会、红十字会、宋庆龄基金会，基本上为国家所垄断，有极强的政府背景，民间很难获准设立公募基金会（李连杰的壹基金算个特例，从非公募转为公募）。非公募基金会在特定的群体中募集资金，实施慈善，或者是特定的群体为集合成员资金行善而设立的，民间的基金会基本都是非公募基金会。
设立一家非公募基金会，根据《基金会管理条例》，需要双重管理：不仅需要到民政部进行登记（实为审批），还需要挂靠一家慈善领域相关的“业务主管单位”（一般为政府机关和党政部门，业界称之为“婆婆”）。由于找不到可以挂靠的业务主管单位，一些民间慈善组织无奈采取公司的形式，以营利组织的形式从事慈善活动，但在财务和税务上成本很高。
更新：民政部门近期在程序上做了一些改革或试点，对特定社会组织，由民政部“一手托两家”，既承担业务主管单位的职责，也履行登记机关的职责。所以有一批全国性的非公募基金会，由民政部门担任主管机关直接登记。而对公募基金会，管理原则仍然是“严格审批”。
设立基金会，应当具备下列条件：
（一）为特定的公益目的而设立；
（二）全国性公募基金会的原始基金不低于800万元人民币，地方性公募基金会的原始基金不低于400万元人民币，非公募基金会的原始基金不低于200万元人民币；原始基金必须为到账货币资金；
（三）有规范的名称、章程、组织机构以及与其开展活动相适应的专职工作人员；
（四）有固定的住所；
（五）能够独立承担民事责任。
申请设立基金会，申请人应当向登记管理机关提交下列文件：
（一）申请书；
（二）章程草案；
（三）验资证明和住所证明；
（四）理事名单、身份证明以及拟任理事长、副理事长、秘书长简历；
（五）业务主管单位同意设立的文件。
金会章程必须明确基金会的公益性质，不得规定使特定自然人、法人或者其他组织受益的内容。
基金会章程应当载明下列事项：
（一）名称及住所；
（二）设立宗旨和公益活动的业务范围；
（三）原始基金数额；
（四）理事会的组成、职权和议事规则，理事的资格、产生程序和任期；
（五）法定代表人的职责；
（六）监事的职责、资格、产生程序和任期；
（七）财务会计报告的编制、审定制度；
（八）财产的管理、使用制度；
（九）基金会的终止条件、程序和终止后财产的处理。
登记管理机关应当自收到本条例第九条所列全部有效文件之日起60日内，作出准予或者不予登记的决定。准予登记的，发给《基金会法人登记证书》；不予登记的，应当书面说明理由。
基金会设立登记的事项包括：名称、住所、类型、宗旨、公益活动的业务范围、原始基金数额和法定代表人。
基金会拟设立分支机构、代表机构的，应当向原登记管理机关提出登记申请，并提交拟设机构的名称、住所和负责人等情况的文件。
登记管理机关应当自收到前款所列全部有效文件之日起60日内作出准予或者不予登记的决定。准予登记的，发给《基金会分支（代表）机构登记证书》；不予登记的，应当书面说明理由。
基金会分支机构、基金会代表机构设立登记的事项包括：名称、住所、公益活动的业务范围和负责人。
基金会分支机构、基金会代表机构依据基金会的授权开展活动，不具有法人资格。
境外基金会在中国内地设立代表机构，应当经有关业务主管单位同意后，向登记管理机关提交下列文件：
（一）申请书；
（二）基金会在境外依法登记成立的证明和基金会章程；
（三）拟设代表机构负责人身份证明及简历；
（四）住所证明；
（五）业务主管单位同意在中国内地设立代表机构的文件。
登记管理机关应当自收到前款所列全部有效文件之日起60日内，作出准予或者不予登记的决定。准予登记的，发给《境外基金会代表机构登记证书》；不予登记的，应当书面说明理由。
境外基金会代表机构设立登记的事项包括：名称、住所、公益活动的业务范围和负责人。
1. 注册公募基金会比较困难，政府资源、背景和公信力这样的软实力比实际规定的条条框框更重要。在民政部注册全国性的基金会更是如此。地方性非公募基金会相对容易，尤其是去年以来很多城市都开始实行直接登记制度。
2. 业务范围和周期：以北京为例，从2013年4月1日起，对行业协会商会类、科技类、公益慈善类、城乡社区服务类社会组织全面实行直接登记。周期一般至少半年。
3. 具体步骤：首先提出申请，可向当地民政部门咨询，按照要求提交可行性报告（初审）。这个过程需要与当地民政局有频繁的沟通，包括业务范围，出资人，法人，秘书长，理事会治理等。一般需要两三个月，可行性报告通过后，需要验资，起始资金注入会计师事务所。验资之后，需要召开次理事会，通过章程等决议，后就是审批了，通过后领取登记证书。
建立一家基金会需要遵循以下步骤：
1. 决定基金会的宗旨。每个基金会应该有一个表述存在原因的落在纸面的宗旨。
2. 组建理事会。初始的理事会将通过规划和筹资帮助工作团队把基金会背后的想法变成现实。随着基金会的发展成熟，理事会的性质和组成人员也会改变。
3. 起草章程。章程是理事会的运营规则，应该在基金会的早期发展过程中由理事会通过。
4. 准备注册需要的原始基金，原始基金必须为到账货币资金。
5. 选择一个业务主管部门，获得业务主管单位同意设立的文件。根据新的政策，一些地区不需要再找业务主管单位。
6. 寻找办公场所，招募合适的工作人员。
7. 填写法人登记申请书，确定在哪个民政部门登记，向民政部门提交法人登记申请书。国务院民政部门和省、自治区、直辖市人民政府民政部门是基金会的登记管理机关。
8. 进行战略规划。战略规划表述了基金会潜力的愿景。战略规划应该描述出实现这个潜力所必需经过的步骤，决定要实现这个机会需要什么样的工作团队，确定至少一年内的项目和运作优先事项。
9. 制定预算计划和资源开发计划。财务监管和资源开发（如筹资、获得收入、吸收会员会费）是理事会的重要职责。实现战略规划需要的资源必须在预算和财务计划中描述清楚。
10. 建立基金会正式文件的存档体系。登记文件、理事会会议记录、财务报告和其他正式文件都应该妥善存档。
11. 建立会计体系。基金会财务的尽职管理需要一套已经确立的可以满足现状和未来需求的会计体系。
12. 提交税收减免资格申请。