2015年10月1日起，“三证合一”在全国范围内实施，新设立企业、农民专业合作社领取由工商行政管理部门核发加载法人和其他组织统一社会信用代码的营业执照后，无需再次进行税务登记，不再领取税务登记证。但“三证合一”并不是简单地“合”，以下三个方面的税务风险不能忽视。
一、日常管理
“三证合一”后，无需办理税务登记，税务登记信息与工商、质检等部门的注册登记信息比对分析也将不存在，但并不意味着税务机关放弃或放松日常监管，税务机关将完善相关法规政策，加强后续管理。
《国家工商行政管理总局、国家税务总局关于做好“三证合一”有关工作衔接的通知》（工商企注字〔2015〕147号）规定，企业登记机关新设登记、变更登记（备案）后，将其基本登记信息、变更登记（备案）信息即时共享到省级信息共享交换平台。税务机关确认纳税人信息后，将该税务主管机关全称即时共享到交换平台。这样，税务与工商部门共享“一照一码”注册登记信息。
税务机关对接收的新登记注册户开展纳税身份甄别，确认负有纳税义务的，及时纳入税收管理。
二、发票管理
“三证合一”后，一些涉税信息如税种、票种登记等需要税务机关补录，才能纳税申报和购买发票，纳税人与税务机关接触最多的可能是申领发票，发票管理将取代税务登记，成为整个税收管理的基础。
《国家税务总局关于创新税收服务管理若干问题的意见》（税总发〔2014〕85号）规定，初次申领普通发票数量应控制在一个月用量或省税务机关确定的初次领用数量范围内。对纳税信用好、税收风险低的纳税人可适当放宽，但最多不得超过省税务机关确定的最高领用数量，省税务机关未确定最高领用数量的，最多不得超过三个月使用量。对新开业的一般纳税人，税务机关可按照纳税人生产经营规模、经营模式、行业特点、开具发票特殊性等因素设置增值税专用发票基本月供应量，申领超过基本月供应量的纳税人，需向税务机关提供相关证明材料。对小规模纳税人（包括个体工商户）第一次申请发票增量时，可以要求其法定代表人或者财务负责人到场。
对新增纳税人已领用发票却未及时申报等情况，采取停止供应发票、实地核查等应对措施。对列入企业异常名录的纳税人采取停供发票措施。
同时，税务机关对专用发票系统进行升级，而且推行电子发票，可以通过网络实时监控和掌握纳税人的发票开具信息。
三、“黑名单”管理
“三证合一”后，税务机关应当分类处理纳税人清税申报，根据企业经营规模、税款征收方式、纳税信用等级指标进行风险分析，对风险等级低的当场办结清税手续；对于存在疑点情况的，企业也可以提供税务中介服务机构出具的鉴证报告。税务机关在核查、检查过程中发现涉嫌偷、逃、骗、抗税或虚开发票的，或者需要进行纳税调整等情形的，办理时限自然中止。在清税后，经举报等线索发现少报、少缴税款的，税务机关将相关信息传至登记机关，纳入“黑名单”管理，将影响企业信用。