菌落总数的测定方法，看似非常简单，但由于食品种类繁多，食品中可能存在的微生物菌群较多，要在同等条件下把所有的细菌培养出来，反应样品的真实情况，实属不易。
菌总计数容易会出现哪些问题呢?
1、在营养成分单一、保存条件苛刻的食品(水、水产品等)中，微生物复苏、生长缓慢，培养48h计数时容易遗漏2、一些食品处理后，仍存在类似菌落的颗粒状杂质，很难判断是菌落还是杂质3、一些食品容易污染变形杆菌等运动性较强的蔓延菌，培养后无法计数。关键是，能力验证是考察实验室检验能力的外部质量活动，组织方提供试验样本，在菌落总数项目上，一般会考虑增加上述难度。防止蔓延的方法有哪些?
增加覆盖一层琼脂培养基蔓延菌大多为需氧菌，覆盖一层琼脂的目的是隔绝空气，降低需氧菌生长速度。
No.2 添加TTCTTC(2，3，5-氯化三苯基四氮唑)，不仅可以使菌落产生红色，便于辨识，也可部分地抑制大片蔓延菌落的形成。
No.3 陶瓦盖代替平皿盖用陶瓦盖代替平皿盖，可有效去除培养基表面水分，阻止细菌移动，有效抑制蔓延。倾注培养基凝固后，用陶瓦盖(干热灭菌)代替平皿盖，正置放入培养箱培养。
以上三种方法哪种好呢?
真相大揭秘
方法：我们分别采用PCA直接倾注法、覆盖一层培养基法、TTC法、用陶瓦盖代替平皿盖法对同一样本进行菌落总数计数。其中，TTC培养基冷却至56℃左右加0.5%的TTC溶液(1mL/100mL)。陶瓦盖法平皿正置放入培养箱培养。从6小时开始观察菌落生长情况并计数，以后每隔12小时观察1次。结 果PCA直接倾注法菌落生长相对较快，培养24h，菌落数已达到峰值，其他方法平板培养36h或48h后，达到峰值。添加TTC的平板菌落生长相对比较缓慢，且培养到后，菌落依然比较小，但总体检出数值较高。其原因是TTC平板能将部分细小菌落，或生长于琼脂内部、颜色与平板颜色相近，肉眼不易观察的菌落计出。