1、出口企业未申报退税发生退关退运的
（1）退运后进行维修或换货再发给客户建议只对维修或换货费用作会计处理，不再调整其他会计处理以及税务申报系统。即不冲减收入，也不操作退税系统，只确认维修和换货的费用，对换货商品作借库存商品（退回商品）和贷记库存商品（换货出去的商品）的处理。
（2）不换货，也不维修，退运后不再发给客户首先在发生退关退运次月的账务中冲减当期外销收入，同时调整已结转退关退运货物的成本。其次如果是跨年度的，出口企业采用会计准则或企业会计制度的，应通过“以前年度损益调整”在账务和财务报表中进行损益调整；出口企业采用小企业会计准则，无论是否跨年，在退运时冲减当期数据。
关于税务申报系统，因未正式申报退税，不用在现行企业出口退税申报系统中进行相应的冲减操作，外销收入已做会计处理的只调整相关账表。
2、出口企业已申报退税发生退关退运的（1）不换货，也不维修，退运后不再发给客户
首先外贸企业要冲减账面收入且补税，生产企业要在此情形发生的次月增值税纳税申报期内用负数申报冲减原免抵退税申报数据，同时调整已结转退关退运货物的成本。其次如果是跨年度的，出口企业采用会计准则或企业会计制度的，应通过“以前年度损益调整”在账务和财务报表中进行损益调整；出口企业采用小企业会计准则，无论是否跨年，在退运时冲减当期数据。
关于纳税申报系统，因已申报过收入数据，无论是外贸还是生产企业都要在表一体现冲减的出口免税收入。关于退税申报系统，外贸企业不用操作，生产企业应操作“出口明细冲减业务”，用负数申报冲减免抵退税申报数据，如果有当期免抵退税不足冲减时，其不足冲减部分应补缴差额税款。
（2）退运后进行维修或换货再发给客户与出口企业未申报过退税不同，因为这种情形下出口企业已申报过退税，外贸企业已退税的要补税，生产企业用负数申报冲减后续的免抵退税申报数据，因此即使退运后维修或换货再发给客户，除非企业以“进出境修理货物”办理进境，否则也应按上述流程处理后再进行维修或换货费用的会计处理，不过新的发货可以以新的出口退税业务申请退税了。