高新企业申请流程如下：
1.企业根据《认定办法》和《工作指引》进行自我评价，初步判断是否达到认定条件的要求。
2.企业通过网络系统提交至认定机构。认定机构核对企业注册信息，在网络系统上确认激活后，企业可以开展后续申报工作。
3.企业登录"高新技术企业认定管理工作网"，按要求填写《高新技术企业认定申请书》，通过网络系统提交至认定机构，并向认定机构提交国家高新技术企业认定材料。
4.认定机构收到企业申报材料后，从专家库中抽取至少5名评审专家（其中技术专家不少于60%，并至少有1名财务专家）组成专家组。进行审查
5.认定机构根据专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合评审（可视情况对部分企业进行实地核查），提出认定企业名单，报领导小组备案，报送时间不得晚于每年11月底。
6.经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示10个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理；领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。