为了避免污染，水井应尽或许设在地下水污染源上游，地形高燥，不易积水，周围20-30m内无渗水厕所、粪坑等污染源。井的结构：井底用卵石和粗砂铺垫，厚约0.5m，上设一块多孔水泥板，以便定期淘洗。井底以上高约1m的井壁，外周充填厚30-60cm的沙砾，以利地下水进入；离地上1-3m的井壁，周围应以粘土或水泥填实，内面用水泥沙浆抹，以防污水进入井内。井栏一般高出地上0.3-0.5m，以避免污水溅入和地上废物尘土等被风吹入井内，并确保取水方便和安全。井口好设盖，如能修井棚或围墙，则可避免禽畜接水井。主张尽或许做成密封井，装置手压或脚踏式或电动式抽水泵，既方便取水，又可避免污染。井水的消毒：井水需用漂白粉弄清液消。
及时了解孔内的具体情况，必要的时候及时保持孔内的清洁，而且水井钻机中的钻头在钻机过程中禁止起拔。水井钻机的孔底有的时候会留有较多的残留岩渣，偏心钻头回转部分就会被岩渣卡死进而影响其收拢生产，这时就需要输送压气，重新对孔内进行清洗，并且使潜孔锤作短时间内工作，然后在重新进行中心钻具的提升作业。当水井钻机正在运行的时候，一定要是专业的工作人员才能够进行指挥。一定要避免吸渣口出现堵塞的现象。当施工的场合不同时，先要选择出社会该场地的钻头才能够让水井钻机进行工作。断层渗出的水一定是地下水，当然从地下水的来源又可以分为潜水和承压水，除个别情况外潜水和承压水的直接来源于可分为大气降水（雨或雪）、地表水（河、湖等。