1．风险增加
注册商标有一段不可避免的查询盲期，组合申请风险更大，分开则反之。对于中文商标、字母商标和图形商标组合的商标，商标局会将其拆开来分别审查，只要有一个元素和别人商标中的相同元素构成相同或近似，就会将该枚商标整体驳回。
2．时间增加
组合申请的商标其审查速度比单独申请的商标相对较慢，因为每部分都要分开审查，而单独申请则互不影响。
3．使用不便
组合申请使用不方便、不灵活，分开则反之。若组合申请，则使用时一般需要组合使用，不然可能违反《商标法》的规定。
以比较常见的文字和图形组合商标为例，（1）将该商标图形与文字分开使用在同种商品上时，如加注了注册商标的标志，则属“冒充注册商标”行为。（2）将该商标图形与文字分开使用在同种商品上时，如不加注注册商标的标志，而该图形与文字又没有被其他人注册成商标，则该行为并不违反我国现行法律。（3）将该商标图形与文字分开使用在同种商品上时，虽不加注注册商标的标志，但该图形或文字在同种商品上被其他人注册成商标，则构成了“未经商标注册人的许可，在同一种商品或者类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标”的行为。
而分开申请的商标，使用起来则非常灵活，既可以独立使用，也可以组合使用。
4．费用问题
组合申请费用少，单独申请费用多。组合申请需要花一份钱，分开申请就要花几份钱。虽然表面成本增加了，但是实际使用过程中产生的无形效益要远远大于分开注册的这笔费用。
综上，从时效、成功率和申请费用三方面来考虑，分开申请的优势还是比较突出的。
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