有机物质主要来源于农村和城市的废弃物，如人畜粪尿、工厂作坊加工或生活中的废物、废水等。有机肥是能够在土壤中矿化后释放养分。来源广、种类多、成分复杂，是一种完全肥料，含有农作物所需要的各种营养元素和丰富的有机质。增施有机肥，能够提高农作物产量和农产品品质、发展绿色食品、改善农业生态环境、增强农业后劲的一项有力措施。若要达到改良土壤、培肥地力、实现农业可持续发展，必须重视有机肥的施用。
有机肥来源广、经济易得；其养分全面，能供给作物所必需的营养元素，但养分含量都比较低，而且多以有机形态存在，要通过微生物分解才能被植物吸收，故有机肥一般都要进行材料处理；有机肥含有丰富的有机质，对改良土壤、缓冲土壤不良性质有积极的作用，如调节酸碱度、降低养分的毒害等。
我国施用有机肥存在的问题，随着我国化学农业的发展和农村产业结构的调整及农村商品经济的发展，农民的价值观念逐步增强。部分农民认为传统的农作制度劳动强度大，为在短时间内获取更高的种植效益，多购买化肥，致使有机肥施用量越来越少，呈急速下降的趋势。据农业部农技推广中心统计，1949、1990、2000、2003年我国有机肥施用量占肥料总投入量的比例分别为99.9%、37.4%、30.6%、25.0%。由此可见，农业生产中有机肥的施用比例急剧下降。
农业大量施用化肥，使农作物对化肥的依赖性越来越大。同时农业生产成本明显增加，而种植作物的效益却没有很大的提升，整体上造成巨大的经济损失。由于长期过量施用化肥，不重视有机肥的施用，导致耕地质量逐年下降。研究表明，由于长期施用化肥而缺乏有机肥的投入，我国耕地土壤的有机质含量下降，土壤速效钾严重缺乏，土壤保水保肥及供水供肥等性能减弱，农产品品质明显下降。由于农户的文化水平较低，在没有及时向耕地供应有机肥的同时，又不合理施用化肥，导致一些肥料随水土流失进入水体，从而对水体、土壤、大气等环境产生严重的污染，同时对生物及人类健康都造成严重危害。当前，农户轻施有机肥、不科学施用化肥，已成为阻碍农业生产有序发展的重要因素。因此，要科学认识有机肥在可持续农业发展中的作用。
增施有机肥的主要措施，需提高农民的认识，大力宣传有机肥，相关农业技术推广部门应从根本上重视农业生产的各项工作，加大对增施有机肥优势的宣传，如可通过广播、电视、田间讲解、上门服务等方式，向农户宣传增施有机肥的好处。要向农户宣传有机肥和化肥的不同特点，以及配合施用的方法和优点。加快沃土工程的实施速度，扩大测土配方施肥规模，支持农民秸秆还田、种植绿肥、增施有机肥。
大力推广秸秆还田，禁止焚烧秸秆，农村地区有庞大的农作物秸秆资源，而农民多将秸秆就地焚烧，不仅造成资源浪费，还造成多种二次污染。因此，农业技术推广部门应向农户宣传对农作物秸秆的有效处理方式，特别是在农作物收获期间，可组织进行秸秆处理并还田。该方法既省工节资，又简便易行，具有改土、增肥、调温、保墒和培肥地力的综合功能，对促进作物长期稳定增产有明显效果。将秸秆堆沤还田、机械化粉碎秸秆还田和利用生化快速腐熟技术制造优质有机肥施用，均是实现利用农作物资源循环利用的有效方式。另外，还可将秸秆过腹还田，可促进农牧业的结合协调发展。
扩大绿肥种植面积，提高土壤肥力，种植绿肥是发展有机肥的一项重要措施。施用绿肥，可增加土壤养分，培肥地力，增产粮食，节约资源，净化环境，促进畜牧业和养蜂业的发展。增施有机肥，促进氮、磷、钾的平衡施用，是现阶段农业生产的主要施肥方法。绿肥在肥料结构中占有重要位置，其生物固氮、生物富集、生物覆盖是其他有机肥难以取代的，对促进现代农业生产具有独特的作用，利用前景十分广阔，应在农村地区大力推广。