过滤系统中每一种过滤系统都是必不可少的，而且之间都是相互关联，相辅相成的。生物过滤排放顺序一般在物理过滤之后，主要核心是培养硝化细菌，建立硝化系统来维护水质平衡。可以说是硝化细菌基地，面积越大效果越好(滤材提供的附着面)。
那么硝化系统的作用原理是什么呢?
简单点说就是利用硝化细菌来消灭掉水质中的有害物质，主要包括氨等有害物质，使之转化成无害的物质这样的一个不断循环的过程。如果硝化细菌受到破坏或者有毒物质大量增加，都会破坏硝化系统的平衡，而使硝化系统崩溃。
硝化作用示意图
可以看出来生物过滤对于饲养锦鲤来说是重中之重，关乎着锦鲤鱼的生命。我们要做的就是保持硝化系统的稳定，培养大量的活性硝化细菌。我们可以从不同的方面来做这件事情。
1.选择好的生物滤材 生物滤材主要比较的特点有：附着面积大小、通透性。附着面积越大，可培养的硝化细菌就越多。通透性越好，水流效果就会更好，这更有利于硝化细菌的生存。市面上常见的生物滤材有细菌屋，陶瓷环，玻璃环，生化棉等等。根据自己的过滤情况选择合适的滤材。
2.扩大过滤槽的空间 滤材是很重要的一方面，但是如果提供的滤槽空间不足，而锦鲤鱼缸又太大，就算滤材再好，也很难满足培养足够的硝化细菌。
3.硝化细菌生存环境 要培养大量活性的硝化细菌才可以维持水质的稳定，那么就必须满足硝化细菌的生存环境。硝化细菌喜欢弱碱性，一般PH在7—8，佳PH：7.5-8.2。温度越高可使硝化细菌的活性越强。但是好不要高于30度，不低于20度。25—28度佳。溶氧量要充足，硝化细菌属于好氧菌，平时一定要保持足够的氧气，溶氧量好保持在2-3pmm范围内。光照对硝化细菌影响很大，硝化细菌属于厌光菌，其中的紫外线对其伤害非常大，光照也会抑制硝化细菌的生长，所以硝化细菌在阴暗的环境中效果好。