印尼商品出口需要提交的证书包括FORM E和CO两种，这两种证书虽然都是用于申请免征或减免关税的，但是具体的适用条件、申请方法以及申请流程等方面有所不同。
首先，FORM E证书是由东盟成员国政府签署的“东盟自由贸易协定”（AFTA）协议而生。对于东盟成员国之间的贸易，可以通过提交FORM E证书申请免征或减免关税。同时，FORM E证书还可以用于申请欧盟普惠贸易制度（GSP）。
CO证书则是由全球贸易组织（WTO）和有关国际协议制定的。CO证书的使用范围比FORM E证书更广泛，可以用于申请几乎所有国家的免征或减免关税。而且，CO证书还适用于其他领域，例如提供商品的原产地证明、向银行申请贷款等。
在申请方面，FORM E证书需要由进口国海关或海关代理公司核发，但同时要求出口商必须是位于东盟成员国的，且出口货物必须符合FORM E证书的标准。而CO证书的申请则由出口国政府或其授权的机构核发，具体要求随着各个国家、区域而有所不同。
在申请流程方面，无论是FORM E证书还是CO证书，都需要提供相关证明和申请材料，如出口商资质证明、商品品质检验报告、货物托运单证明等。但由于不同国家、地区之间的政策法规差异以及出口商品的不同性质，具体要求还需要根据情况具体分析。
总之，在进行商品出口时，出口商需要根据自己的出口目标地和商品性质来选择适用的证书，同时需要了解不同证书的适用条件、申请方法和申请流程等具体问题，以充分合规地完成贸易活动。
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