在日本设立公司的注册流程需要经过以下步骤：
1. 确定公司的形式
日本的公司形式包括株式会社、有限会社和合同会社等。在选择公司形式时，需要考虑股权、责任和法律效力等方面的因素。
2. 准备文件
需要提交的文件包括公司章程、注册申请书、股东名册、董事名册、代表者名册、拟定的公司名称和地址等。
3. 开设公司银行账户
在公司注册之前，需要开立公司银行账户。日本的银行需要银行开户申请书、公司的章程、注册申请书、股东名册、董事名册、代表者名册和注册通知书等文件。
4. 办理公司注册
公司注册需要向相关机构提交公司注册申请书，其中包括了公司的名称、地址、董事、代表者、股东等各方的身份证明、公司章程、营业计划和其他需的文件。经过审批，公司注册完成后，会颁发注册通知书和印章等相关证件。