对于关节、软组织用臭氧治疗仪臭氧注射的准确性与临床效果之间的关系，研究报道很少。有意思的是，注射者的资历和经验似乎并不影响注射的准确度，而对多数疾病而言，也已确立其适宜的注射臭氧技术。本文章所描述的方法一方面来自作者的临床经验，另一方面来自介绍注射臭氧技术的文献资料。
在大多数注射中，寻找解剖标志非常重要。即使是没有影像介导较难穿刺的关节，如髂关节，按解剖标志即可穿刺成功者达80%。
另外重要的一点是针头要足够长，尤其是在肥胖患者，或较深的关节腔，如膝关节穿刺要用5cm针头而不要用标准的3.8cm针头。
如果有渗出则易于确认穿刺是否到位。关节穿刺时，抽出滑液表明针尖在关节腔内。然而，能抽出积液并不能表明是否适于注射臭氧治疗。在没有渗出的情况下，操作者需靠解剖标志和针感确定针尖所处的位置。用针尖轻触关节软骨或骨质可证实针在关节腔内，略退针再注射。
穿刺入路和体位亦可影响穿刺的准确性。有研究表明，无渗出膝关节穿刺采取伸直位经髌骨旁入路成功率>90%，优于半屈曲位经膝眼（髌腱的前内、外侧）穿刺进路。
穿刺到位后注射1~2ml臭氧可证实针尖是否在关节腔内。若位置正确，注射臭氧后即刻活动膝关节可闻及“咝咝”声。一项小样本研究显示，此简单试验的敏感度为85%，特异度为100%。肩关节亦有相似的试验。向骶管腔注射小量空气时，用听诊器在骶骨上可听到“嗖嗖”声，从而证实针尖位置正确。小样本临床研究表明，19例经造影证实针尖位于骶管的患者，均能闻及“嗖嗖”声，无1例出现假阳性。
某些情况下，注射至目标之外而靠近目标也有效。关节腔或腱鞘注射时，若注射至关节或腱鞘周围同样可获得满意的治疗效果，表明要达到好的疗效不必强求针尖位置非常精确。但在另外一些研究中，结果则表明提高注射准确性能增强治疗效果。
在注射透明质酸时，黏滞的药液及其经针体注射时的阻力，仅依据感觉难以判断是注射至关节周围组织还是关节间隙。针尖位置不正确可引起注射过程中和注射后明显的不适感。注射时疼痛多认为与针尖不在关节腔内有关，且易于出现各种不良反应。
影像学检查，包括X线、CT、超声及磁共振成像，均已用于显示针尖的位置。由此引出一个问题：影像介导下穿刺与依据解剖标志进行穿刺的结果是否存在质的差异？有几项前瞻性随机对照试验对此问题进行了深入研究。其中之一结果表明，超声引导下肩锁关节注射类固醇效果优于盲法注射。于此相反，足底跖腱膜炎患者在超声引导下注射类固醇效果与单纯触诊注射并无差异。与上述情形相似，慢性肩周疼痛患者在CT引导下肩锁关节注射类固醇效果并不优于按解剖标志注射。
在临床医师培训、肥胖患者注射臭氧和研究中确认针尖位置合适，仍需运用影像检测。超声对检测注射治疗效果有一定帮助。然而，在能充分证明影像引导下注射于临床效果和费用两方面均优于盲法之前，我们认为按解剖标志穿刺更为合理，如果这一方法无效，再考虑影像引导下注射。不在影像引导下行关节和软组织注射的可重复性和准确性尚需进一步研究证实。
最后还应当认识到，患者的期望和喜好也可影响注射治疗的效果。