从技术路线看，燃料乙醇的技术大致分为两类：六糖路线和五糖路线。六糖路线原料主要为经济农作物，分淀粉类作物和糖类作物良种；五糖路线原料为秸秆等纤维素，经降解和产生木糖，进而生产乙醇。
六糖路线目前发展程度较高，国际上成熟的乙醇路线均是六糖路线，如巴西主要采用甘蔗为原料生产燃料乙醇。
但从原料供应情况看，六糖路线存在较为严重的原料供应瓶颈问题，在人均耕地少的国家更为突出。我国人均耕地很少，为保证粮食供应，政府规定发展生物质能源不能与民争粮、与粮争地，因而玉米、小麦路线今后不再会发展，而甘薯、木薯因在一定程度上与粮争地，发展也会受到一定限制。
另外，从成本上看，六糖路线的成本普遍较高，经济性不高。目前值得推广的是原料的综合利用。如淀粉路线可以利用作为饲料原料的粮食为原料生产燃料乙醇，同时生产动物饲料。甘蔗路线可以综合利用榨汁后的甘蔗渣发电，或者造纸。
纤维素（五糖）路线是燃料乙醇发展的最终路线，因为地球上可以利用的纤维素数量非常庞大，所以无需担心原料供应问题。目前该路线最大的问题在技术方面，关键的技术瓶颈有：1、缺乏高效五糖转化菌种以及纤维素酶高效生产工程化技术；2、发酵菌抗高温、抗高乙醇浓度等抗逆性差；3、发酵废液、废气综合利用技术以及污染问题。
如果纤维素路线的乙醇工艺获得重大突破，则人类对化石能源的依赖将会大大降低。这方面的研究虽已开展，但大多停留在中试阶段。我国的丰原生化目前有300吨/年中试项目，华润有300吨/年中试项目，天冠有3000吨/年中试项目。日前有黑龙江帅亿集团与美国broin公司合作开发15万吨/年秸秆燃料乙醇项目的报道。
我国燃料乙醇发展状况
我国的燃料乙醇还处于发展初级阶段，尽管政府在大力推广乙醇汽油，并已有一整套产品标准和配套使用规范，但由于物耗难以降低，原料价格高，因而成本较高。目前国内燃料乙醇主要由四家定点企业生产，产能大约为120万吨/年：黑龙江华润酒精有限公司25万吨/年、吉林燃料乙醇有限公司34万吨/年、河南天冠燃料乙醇有限公司30万吨/年和安徽丰原生化股份有限公司32万吨/年。
由于历史原因，这四家企业主要采用玉米及陈化粮路线。但由于不符合国家制定的生物质能源发展不能与民争粮、与粮争地的原则，因而今后不会再扩大生产规模。
我国燃料乙醇的发展将面临原料路线和技术路线选择问题。目前中粮集团等企业在寻求木薯为原料的燃料乙醇生产路线。中粮正在广西建设一个一期规模为20万吨/年的以木薯为原料的燃料乙醇生产基地。但原料供应仍然是该路线的瓶颈，按1吨乙醇需大约7.2吨的木薯测算，则该项目需要约150万吨木薯，种植面积高达72万亩，这一方面对原料运输提出了要求，另一方面，需要大量耕地，难以解决与粮争地的问题，因而这一路线的发展空间也将较为有限。
在乙醇燃料的掺烧方面，我国应该借鉴巴西和美国的模式，便于对掺烧油品的质量控制以及掺烧企业的直接补贴。