快手小店医疗器械申请报备的流程如下：
1. 登录快手小店后台，进入“商品管理”页面。
2. 点击“新增商品”，选择“医疗器械”分类。
3. 填写商品信息，包括商品名称、价格、库存、运费等。
4. 在商品详情页中，上传医疗器械的相关证件和资质，如医疗器械注册证、生产许可证等。
5. 提交商品审核申请，等待快手小店审核通过。
6. 审核通过后，进入“商品管理”页面，点击“报备”按钮，填写相关信息并提交。
7. 等待国家药监局审核通过后，即可在快手小店上销售医疗器械。
需要注意的是，医疗器械的报备需要符合国家药监局的相关规定，如需要提供医疗器械注册证、生产许可证等证件和资质。同时，快手小店也会对医疗器械的销售进行严格的审核和监管，确保商品的质量和安全。