北京市地下空间备案证明的办理流程和材料清单如下：
一、办理流程：
准备相关材料；
提交申请，等待审批；
获得北京市地下空间备案证明。
二、材料清单：
《北京市地下空间建设备案申报表》；
建设项目用地批准文件；
建设项目规划许可证；
建设工程规划许可证；
居民区或单独使用建筑物建设工程设计或专项许可证；
地上建筑物设计文件；
施工图纸及竣工图纸；
其他相关材料（如产权人或者管理单位的合法证件、租赁合同、抵押权人同意的证明、普通地下室所有权人同意的证明、消防机构检查合格的证明、卫生主管部门检查合格的证明等）。
需要注意的是，不同地区的具体要求可能会有所不同，在准备材料前应该先了解当地的相关规定，或者向当地有关部门进行咨询。