不管是屋面变形缝使用何种防水材料和防水结构，都需要进行多道设防，并且保证变形缝宽度变化时，防水结构也不会被破坏。
伸缩缝的防水做法一般是在防水墙的底部涂抹防水层和缝隙衔接材料，然后表面再加涂一布和两层加强层。
沉降缝多为高低变形结构，通常防水处理是在屋面设置卷材为防水层，将卷材钉压在高层墙体上，让其向缝隙中下凹，一边固定在高层墙顶，一边黏贴在屋面防水层上，卷材表面再使用金属板做单边固定保护。然后，施工人员进行防水层涂膜处理，将合成高分子卷材与防水层涂膜进行粘结。
防震缝的防水层应该高出屋面矮墙或天沟侧壁顶面，将其上部使用合成高分子卷材进行覆盖，在卷材中间下凹到变形缝内2厘米左右，将凹槽内铺垫聚乙泡沫条，连接墙体两边与屋面防水层，之后，再加铺一层合成高分子卷材，卷材两边覆盖住上一层卷材的连接缝，后，再用细石混凝土或不锈钢盖板压盖，这样整体防水处理就完成了。
总之，屋面变形缝防水层要贴至变形缝两侧砌体的上部，其高度不小于25厘米。为了保证防水处理效果，屋面变形缝防水处理禁止使用不合格的涂料，在进行施工前，必须进行涂料检查，并注意涂料的保管方式和使用期限。