一般来说动物房包括两个区域，也就是普通环境和屏障环境2个区域。
（一）设计原则和系统划分《实验室生物安全通用要求》规定不得循环使用动物实验室排出气体，所以动物房空调设计均采用全新风组合式空调机组和高空排风形式。
普通环境区域设计为微负压，温度为19~26℃，湿度为40~70%，换气次数取8~12次/h，没有洁净度要求。
根据规范要求采用独立的一套全新风组合式空调机组，采用散流器送风口送至每个房间，每个房间送、排风支管上均安装手阀以便于调节室内微负压状态。因为实验动物对温湿度比较敏感，则有小动物房间的送风管上均设置风管型电加热，便于调节送风温度。动物房排风系统采用楼顶高空排风方式，排风需经活性炭过滤装置过滤，排风机采用中效过滤排风机箱，排至室外。
对于整个房间也根据具体的情况和用处的不同，划分成了不同的区域，除了上诉所讲述的之外，对于整个房间的具体环境也有很明确的规定和较为严格的要求。比如对于室内的气压、空气的冷热程度和含水量等都做出了明确的规定，甚至是空气交换流通的次数和时间都有很严格的要求
另一方面，为了更好地对房间内的情况进行调控，还会在相关的区域内安装一定的感应装置，对空气的输送也要由经过处理的设备完成，有效保证动物实验室空气质量。同时有动物房间的送风管上均设置风管型电加热，便于调节送风温度。
（二）气流组织形式
动物房内气流通常会在室内各个角来设计出口，大多以四个角为主，也有时为对角，气流也一般从上侧进入下侧流出。
除此之外，气流速度都很低，基本不超过72米每小时。区别于体型差异较大的动物，也可以采用不同的气流组织，比如小动物饲养间宜采用上送下排，大动物饲养间可考虑采用上送上排形式，这样可以避免清洗大动物粪便等污水溅至风口上。同时送风口与排风口需合理布置，尽可能避免死角、断流、短路区域，确保房间内被污染空气尽快流向排风口，排风口上装有粗效过滤网可有效地去除动物毛发等作用。因实验动物对吹风感比较敏感，所以排风口风速需控制在1m/s以内，从而减少对动物健康的影响。