1.准备申请材料。需要提供申请人名称和地址、拟注册的商标类别和商品/服务项目、清晰的商标图样（如果不指定颜色，提供1份黑白图样即可）、申请人资格主体证明文件复印件、商标代理委托书（如果委托代理）、申请人签署的委托书、身份证明文件（如营业执照复印件或身份证复印件）等。
2.提交申请。将准备好的资料提交到马来西亚知识产权局。
3.审查阶段。包括形式审查和实质审查。形式审查主要审查申请是否符合法律规定，有无明显违反商标法的禁用条款等；实质审查则对商标是否符合商标法的规定进行审查，例如商标是否具有显著性、是否与在先注册或申请的商标相同或近似、是否违反禁用条款等。
4.商标公告。经审查，如果该商标符合商标法的规定，马来西亚知识产权局将会在官方期刊上刊登公告，公告期为30个工作日，在此期间任何人可以提出异议。
5.下发证书。无异议或经审查异议不成立的，该商标予以注册，并由马来西亚知识产权局颁发商标证书。
马来西亚商标注册的下证周期一般在18个月左右，如遇异议可能需要更长时间。商标注册后有效期为10年，自申请日起算。根据马来西亚《商标法》规定，到期日前3个月内可以办理续展，但实践中可提前12个月办理，宽展期为1个月。