三大体系独立存在的问题：
1、同一部门在工作中执行三套体系，造成职责不一致、行动不统一。2、在同一生产工艺流程、统一工作程序上三套体系文件中均有要求时，造成重复性开展、重复记录。3、内部审核时，三套体系单独进行，形成同一记录、同一工作重复审核。4、管理评审时，三套体系单独进行，增加评审次数和会议次数，评审的质量和效果不太理想。5、三个体系在贯标认证初始编制的体系文件，在某些方面与生产经营实际不符，造成“两张皮”现象。6、对三个体系知识培训的力度不够，领导作用、全员参与的重视程度上还存有差距。7、传统管理的决策、方法上的习惯性，时有与三套体系的相关要求不一致现象，部分管理者和员工不能正确认识和使用三套体系这个工具，运用到生产经营的全过程即质量、环境、职业健康安全的各个方面中去。