京东自营和京东POP在多个方面存在显著的区别，以下是它们的主要差异：
性质与运营模式：
京东自营：京东自营是指京东自己经营的店铺，其商品由京东自己采购、存储、销售和提供售后服务。商家作为供货商，只需提供货品，而货品定价、销售、参加活动等都交由京东来管理。
京东POP：京东POP是指由第三方商家在京东平台上开设的店铺，商品由商家自己采购、存储、销售和提供售后服务。商家在京东平台上开设自己的店铺，自己运营，而京东则提供平台，商家直接把货卖给消费者，京东收取一定的平台费和扣点。
结账周期与对接人员：
京东自营：结账周期根据与平台采销确定好的毛保，实销实结，通常有45-60天的账期。对接人员有采销和采购，采销负责销售方面的问题，采购负责仓储物流、库存周转等问题。
京东POP：结账周期为T+1结算，即在客户确认收货后，第二天就可以结账，资金上比较灵活。商家只对接一位小二，处理商家遇到的所有问题。
商品来源、价格与售后服务：
京东自营：商品由京东自己采购，价格相对于POP店可能稍高，但商品质量和售后服务有保障。
京东POP：商品由商家自己采购，价格相对较低，但商品质量和售后服务的质量参差不齐。
关于入驻方式，两者的流程也有所不同：
京东自营入驻流程：
注册京东“个人账户”，以便于登入京东自营供应商入驻系统。
填写入驻信息，在线签署协议，提交公司基本信息、财务和资质信息并保存。
招商分配，查看资料审核进度。
采销审核。
完善入驻信息，填写更为详细的相关信息。
采销再次审核，审核通过后，创建后台管理账号及合同。
京东POP入驻流程：
准备营业执照、税务登记证、组织机构代码证等相关资质证件，以及商品的相关信息。
注册京东账号，并完成企业认证。
进入京东POP官网，点击“免费申请入驻”，填写相关信息并提交申请。
京东POP客服在1-3个工作日内与商家联系，进行初步审核。
审核通过后，与商家进行线下面谈，商家签署《京东POP入驻协议》并缴纳相关费用。
按照京东POP的要求，完成店铺的搭建和商品的上架。
提交店铺审核申请，审核通过后，商家即可正式开展业务。