试剂配制室及样品处理室宜呈微正压，以防外界含核酸气溶胶的空气进入，造成污染；可以通过控制进风风量大于排风风量达到正压效果。核酸扩增室及产物分析室应呈微负压，以防含核酸的气溶胶扩散出去污染试剂与样品，可以通过控制排风风量大于进风风量达到负压效果。PCR实验室缓冲间内，可设置正压，使室内空气不流向室外，室外空气不流向室内；PCR实验室进风由原有中央空调控制，要求将中央空调风口安装到**，且高度为地面铺装好后2600mm处。
各个区域之间应具备单向的实验工艺流、物流、与气流，形成单向流程的保护屏障，避免实验之间的相互干扰，防止核酸气溶胶对实验过程造成污染产生假性结果。实验室的墙体，包括顶棚，应结构牢固、气密性好；所有阴角宜采用圆弧形线条过渡；墙体内壁光洁、不吸附、耐腐蚀、易清洗消毒；地面材料应满足无缝隙、无渗漏、光洁、耐腐蚀的要求。
PCR实验室设计的常见问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染；**基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。由于一旦发生污染，实验就停止，直到找到污染源为止，而且实验结果作废，需重新进行实验；所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力；因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
严格控制进出实验室的人员，与实验无关的人员不得随意进出实验室，有条件的情况下要设置独立的通道和进出整个实验区的门；尽量减少在实验区内不必要的走动以减少交叉污染的可能性；扩增产物分析区是主要的扩增产物污染来源，废液不能在实验室中倾倒，经消毒液浸泡消毒后在远离实验室的地方弃掉，用过的吸头等一次性材料也应经消毒液浸泡消毒后统一处理，如焚烧等。
