马德里商标注册优点：
1）手续比较简单。商标申请人仅仅需要通过一个机构（例如，世界知识产权组织国际局）、使用一种语言（例如，英语、法语或西班牙语）、提交一份申请、缴纳一次费用，就可向除其原属国之外的其他所有加入相同条约的缔约方提出商标注册申请，从而免去了分别向这些缔约方的商标主管机关使用不同语言、提交不同申请、分别缴费等相对繁琐的程序。
目前只有日本和加纳的收费分申请费和注册费两次收取。
2）费用相对较低。实践表明，通过马德里体系申请商标国际注册比去各国逐个申请商标注册在费用上相对较低。
申请的国家越多，费用节省得越多。
变更、转让、续展、删减、注销等申请也仅需提交一份申请、缴纳一次费用。
3）减轻缔约方商标主管机关的工作量。商品和服务的分类及商标国际注册申请的形式审查部分是由世界知识产权组织国际局（以下简称国际局）完成的。
在极大程度上，减少了缔约方商标主管机关的工作量。另外，世界知识产权组织国际局负责国际注册公告的发行，免除了各主管机关再次公告国际注册商标的义务。
国际注册规费的收取和分配也是由世界知识产权组织国际局来完成的，同样减少了各主管机关的工作量。
马德里商标注册缺点：
1、没有商标证书，仅有一张证明。若是拿着证明再单独去其他国家再办证书，可能产生其他的费用。
2、后续程序相对复杂。若商标被驳回、或者异议，需要重新进行答辩，也会产生其他的费用。
3、须以国内商标注册为基础。即：必须先在中国申请商标、或者注册商标。
4、中心打击原则。商标注册之日起5年内，基础商标被撤销或者驳回，其效力将覆盖所有指定国家。
5、具体开始受到的保护时间不方便确定。马德里注册没有证书，只有受理证明。
6、文书语言不唯一。不方便商标后期维护处理。