日本的公司形态主要分为股份公司（株式会社）和持分公司（持分会社），其中，持分公司又包括合名公司、合资公司、合同公司三种形态。中国个人或企业申请日本公司注册时，一般会选择出资人承担有限责任的股份公司的形态。以下就以日本股份公司注册为例，对中国投资者在日本注册公司的手续进行简要介绍。
1. 日本公司注册手续
中国公司或中国人在日本注册公司，除需履行中国投资申报的手续外，与日本公司或个人注册公司并无不同。当然，由于投资者母国的公司法制度与日本不同，因此在公司章程认证或申请登记时，需要提交日本公司或日本人注册公司时无需提交的部分证明文件。而且即使新公司所有代表董事都居住在国外，也可以成立公司。
注册日本股份公司的基本手续流程：
①确定新公司名称、地址等基本事项
②（从事特定经营范围的需）经由日本银行向管辖大臣提交事前申报
③确认经营范围是否需要取得行业许可
④制作新公司章程
⑤投资者准备所需本国证明文件
⑥日本公证处对新公司章程进行认证
⑦发起人缴付出资
⑧发起人选任注册时董事和高管
⑨由注册时董事等进行公司注册事项的调查以及确定成立日期
⑩向法务局提交公司登记申请及公司印章备案申请
⑪取得营业执照及公司印章证明
⑫在银行开设公司账户
⑬（无需履行前述②的）经由日本银行向管辖大臣提出公司注册事后备案
⑭办理税务等其他各种行政手续
2. 募集注册与发起注册
股份公司的注册有两种方式：发起注册和募集注册。发起注册是指，发起人认购股份公司成立时将发行的所有股份；募集注册是指，股份也由发起人以外的人认购。在募集注册的情况下，需要经过出资人申购、股份分配、召开创立大会等的程序。此外，为了保护认购人，还必要由银行出具实收资本的保管证明。而且，如果对多数对象（50人以上）进行募集，则构成证券的“募集”，需要根据《金融商品交易法》，提交有价证券登记表或有价证券通知书。因此，在大多数情况下，股份公司采用发起注册的方式，此种情形要求发起人在登记成立时认购将要发行的全部股份。
3. 日本公司名称（商号）
日本公司登记法律要求，新设公司名称（商号）不得与在同一地址已经注册公司名称相同，因此，决定公司名称前，需要对公司住所地是否存在同一商号公司进行调查。商号调查，可以通过在线注册信息查询服务进行。另外，选择商号时也需要注意避免与已有知名企业名称或他人已有商标混同，否则可能导致违反《防止不正当竞争法》或《商标法》。
4. 日本公司注册地址
法律虽然允许使用虚拟办公室作为公司的地址，但是外资公司采用此种方式有可能导致入国管理局对公司人员赴日签证的拒签。因此建议选择实质上开展业务的地址作为注册地址。
5. 中国投资的事前申报和事后备案
大多数情况下，在新公司注册后通过日本银行向有管辖权的政府部门进行事后备案即可。但当外资企业的经营范围涉及日本国家安全保障等事项时，需要在公司注册前进行事先申报（《外汇法》第27条）。
需要事先审批的行业包括：武器、航空器、宇宙开发、核能相关行业、以及军用品制造、网络安全、电力等基础设施、金属矿产、信息和通信业、软件制造业等多个行业。对此需要投资者聘请律师等专业人员进行事先确认。
6. 行业许可
无论中国投资者还是日本投资者开设的公司，如果从事需要取得许可的行业（如，餐饮、民宿、旅游、老人护理等），则需要取得相应许可后方可开展经营。虽然许可原则上在公司注册后进行申请，但是由于章程中必须明确记载需要取得许可的经营目的，因此需要事先确认从事行业是否需要取得许可以及相关要求。
此外，需要留意的是，存在部分限制中国投资的行业，如，《矿业法》第17条规定,“禁止日本国民或日本法人以外的人作为矿业权人。”又如《货物利用运输事业法》第6条和22条规定，中国人、中国人担任代表的法人、中国人董事占三分之一以上的法人，及中国人的表决权超过三分之一的法人均不得注册第一类货运代理业务或获得第二类货运代理业务许可。对此也需要聘请律师等专业人员进行事先确认。
7. 章程认证
日本法要求公司章程必须经公证人认证方为有效（公司法30条1款）。章程的认证应选择管辖公司住所地的法务局所属的公证处进行（公证人法62条的2）。
(1)提交母国文件
当中国投资者为中国自然人的，在申请章程认证时，需要提交经中国公证处公证的个人印章或签名文件；为中国法人的，一般需要提交出资人经公证的《营业执照》、章程及公司概要的文件、证明母公司法人代表的代表权限的文件、证明母公司法人代表签字属实的文件、证明子公司（日本法人）的董事等的亲笔签名属实的文件等。
(2)实际控制人申报
此外，根据《防止犯罪所得转移法》的规定，日本公证处还要求申报新公司的实际控制人信息，包括申报实际控制人（自然人）的姓名、住所、出生日期等信息，以及该人是否为黑帮分子或国际恐怖分子的事实。如果出资人是法人，则需要追溯该法人的所有者，如果所有者同样为法人的，则需要继续追溯，以此类推，直至确定最终作为实际控制人的自然人。
8. 代表印章的制作
在注册公司时，新公司的代表印章必须在注册公司的同时或之前进行“印章登记”。公司成立后开设银行账户时也需要使用“银行印”。一旦公司的商号确定下来后，应在制作章程认证和登记申请的文件的同时，制作代表印章和银行印。印章印文一般为 "XX株式会社代表取缔役印"和 "XX株式会社银行印"。
9. 资本金的缴付
发起人需将全部出资汇入或存入发起人在日本国内银行、日本国内银行的境外分行，或境外银行的日本分行中，以发起人名义开设的存款账户。
原则上，资本金应向发起人名下的银行账户支付，如果发起人是中国法人，并无日本境内银行账户的，则作为特例，允许将款项汇入注册时取缔役在日本的个人名义的存款账户。当发起人和取缔役都不在日本居住，并且在日本没有个人账户可以转入该款项的，则该款项只能支付给发起人和取缔役以外的第三方的存款账户。允许使用第三方账户的特殊例外情况只适用于取缔役中没有人在日本有账户的情况。
股份公司的资本金虽然可以设定为1日元，但是根据入管法的规定，500万日元以上的公司才具有为其中国人员办理取得经营、管理的在留资格。另外，由于入国管理局受理签证时会审查申请者是否为实际出资人，因此需要申请经营管理签证的投资者在汇款时明确记载汇款人信息。
10. 申请注册登记
在公司章程认证，并缴付注册资本金后，应向公司住所地的法务局提出注册登记申请。申请注册的日期（法务局受理日）即为公司的成立日期。申请注册所需的文件包括：登记申请书、经认证的公司章程、董事任职承诺函、董事的印鉴证明、以及缴付资本证明文件等文件。当中国董事没有日本注册印章的，还需附上签名文件代替印章注册证书。
中国投资者以公司直接出资的方式注册日本公司或投资并购日本项目，则需提前申请境外投资备案办理手续，关于日本公司注册及境外投资备案办理手续可向鑫达李经理了解，另外注册日本公司所需要的使馆公证、海牙公证认证等，也均可办理经验丰富。