尽管农药不是那么可怕，但是，由于农药属于生物活性物质，因此，以科学的态度去客观分析，农药对环境还是有一些影响的，比较突出的是对于环境的污染和对生态环境的破坏。
我们知道，施用农药一般都有明确的防治对象和特定的区域，农药进入环境后，会不断地从施药区向四周扩散，从而导致对环境四周的水资源、大气及生物产生污染和危害。农药施用时药粒的扩散飘移作用，影响邻近环境的安全，如以往稻田使用六六六时，会引起附近茶园污染；使用杀虫双或拟除虫菊酯类农药时，会引起附近桑园的污染；在南极与珠穆朗玛峰冰雪中检出滴滴涕残留，是农田中挥发性农药通过大气层的扩散传递，经长距离运行和沉降的结果。这些农药在环境中的移动属于物理行为。农药在环境中必然有化学表现，它可能发生降解和代谢，而有些极为稳定，不发生任何变化，这些均引起残留性问题，这些问题便涉及到农药的化学行为。农药的降解分为生物降解和非生物降解两大类，在生物酶作用下，农药在动植物内或微生物体内外的降解属于生物降解；农药在环境中受光、热及化学因子作用引起的降解现象，称为非生物降解。农药在环境中的降解方式有多种，主要有氧化作用、还原作用、水解作用、裂解作用等。农药在降解过程中可产生一系列的降解产物，在一般情况下，降解产物的生物活性与毒性逐渐消失。农药使用后残存于生物体、农副产品和环境中的微量农药原体、有毒代谢物、降解物和杂质总称为农药残留。农药残留是施药后的必然现象，但如果超过最大残留限量，对人畜产生不良影响或通过食物链对生态系统中的生物造成毒害，我们称之为农药残毒。
农药对环境的影响可分为以下几个方面。
（1）对天敌的影响
在自然环境中，害虫与天敌（包括天敌昆虫、蛙类、蛇类等）之间保持着一种生态平衡关系。使用农药对天敌与害虫都有不同程度的杀伤，残存的害虫仍可依赖作物做食料，重新迅速繁衍起来；而以捕食害虫为生的天敌，在害虫恢复大量繁殖以前，因食料短缺，生长受到抑制，因此在施药后的一段时期，可能发生害虫的再猖獗。
（2）对土壤生物的影响
土壤微生物和土壤动物是调节土壤肥力的重要指标，农药的使用对土壤生物有一定的影响。使用农药后地表几厘米土层内农药浓度一般可达到几毫克／千克，此浓度通常对土壤微生物总活性影响不大或是短暂的，但施用薰蒸剂和某些药剂时，对一些与土壤肥力有密切关系的敏感性菌种，如硝化菌、固氮菌、根瘤菌等仍可能产生不利影响。多数农药在正常用量下对蚯蚓无影响，但一些有机氯和氨基甲酸酯类农药对蚯蚓毒性很大，而且在蚯蚓体内有蓄积作用，在整个食物链中，蚯蚓是鸟类的食物来源之一，在土壤生物与陆生生物之间起着传递农药的桥梁作用。
（3）对蜜蜂的影响
农药对蜜蜂的致毒途径分为接触毒性与摄入毒性。接触毒性是指喷药时蜜蜂接触药物而死亡；摄入毒性是指蜜蜂因在施药后的作物上采蜜而受害。农药还可以通过蜜蜂的采蜜进入蜂蜜之中进而危害人类。
（4）对家蚕的影响
分直接危害和间接危害两种。直接危害是由于药粒飘移接触蚕体造成的危害，此种影响在作蚕养殖区易于发生；间接危害多数情况下是发生在农田施药时，由于药粒飘移污染了附近的桑园，家蚕食用被污染的桑叶后受害。拟除虫菊酯类农药与杀虫双农药等对家蚕有剧毒，在农田使用时可影响几十米内的桑园，甚至更远一些。
（5）对鸟类的影响
对鸟类的影响通常是因鸟类误食了露于地表的药粒、毒饵，或觅食了因农药中毒的昆虫和受农药污染的鱼类、蚯蚓等所致。食鱼的鸟类，可通过农药在食物链中的传递和富集而致死，它还可影响鸟类的生殖机能，致使鸟类的繁殖数量减少。
（6）对鱼类的影响
水域中的农药多数是通过地表径流或地下渗漏从农田流入的，也有一部分是由于卫生需要或防治水生杂草时直接施入水域的。有一些农药，鱼类对它的富集能力很强，如水中滴滴涕的含量很低，但鱼体内的滴滴涕可比水中高数十万倍。因此，农药容易引起对鱼类的污染与危害。
（7）生物富集
生物体从生活环境与食物中不断吸收的低剂量物质，逐渐在体内积累浓缩的过程，也称为生物浓缩。生物富集农药能力的大小，与农药的性质及生物物种有关。
农药对环境的影响主要体现在以上几个方面，这些均是科学家经过十分严谨的、科学的测定所得到的结论。当然，这种影响的大小和严重程度则有极大的差别，这主要依赖于农药本身毒性的大小。农药损害生物体的能力统称为农药毒性。1940年，亨特（d．hunter）指出，灵长类动物和人，因甲基汞农药中毒时，均出现神经系统不正常的症状，如动作失调、震颤和四肢麻痹等。 1955年德比斯（v．t．derbes）报道，大量氯丹农药溅到工人腹部及大腿上，工人会发生全身抽搐和精神错乱而死亡。杀菌剂敌枯双具有致畸和致突变作用。随着研究方法的不断改进，农药毒性研究的深度和广度也在不断发展，在一般毒性，即急性毒性、亚急性毒性、亚慢性毒性和慢性毒性，以及特殊毒性，即致畸性、生殖毒性、诱变性和致癌性等研究的基础上，80年代开始又深入研究了农药的联合作用、农药的神经毒性以及农药对神经受体和递质的影响，探讨农药在机体内的代谢规律和毒作用机制，为选择农药新品种和研究解毒剂提供了科学依据。农药毒性的分类具体情况如下。
（1）急性毒性
急性毒性也就是毒物一次大剂量或在24小时内多次对生物体作用后所产生的毒性。一般用成年健康的大鼠或小鼠来测定。将各种不同浓度的待测化学品经口或经皮进入动物体内后，观察其致死情况，然后用统计学方法处理实验结果，得到半致死量或半致死浓度。半致死量一般用ld50表示，单位为毫克／千克。此数值不受敏感性特别高或耐受性特别大的动物的影响，因而是一个比较有代表性的毒性指标。
（2）亚急性毒性和亚慢性毒性
两者均为化学品对生物体多次重复作用后，所产生的毒性。两者的区别在于给药剂量和给药期限不同，亚急性给药期限一般为 14～28天，而亚慢性则为3～6个月。亚急性或亚慢性试验往往是慢性毒性试验的预备实验。
（3）慢性毒性
化学品长时间、低剂量对生物体作用后所产生的毒性。
（4）化学品联合作用
化学品联合作用研究的目的在于更为准确地反映化学品对环境的影响，因为现在施用农药一般不只施一种，在机体中，这些化学物之间和它们与机体之间往往呈现十分复杂的相互作用，包括对吸收、分布、生物转化、排泄或毒效应的相互影响等。化学品的联合作用便是人们最新提出来表示这种影响的，它是多种化学品同时或先后作用于机体，对机体所引起的总效应。因此，在当前一般均使用复配农药，很少用单独一种农药的情况下，这种研究更为客观准确地表述了农药的毒性。
（5）迟发性神经毒性
迄今为止，还只发现有机磷酸酯类化合物具有这种特有的神经毒性。一般是在急性中毒症状消失后8～14天出现，症状是下肢麻痹、运动失调、肌肉无力、食欲不振的瘫痪状态，有的能恢复，有的因不能恢复而死亡。最初发现有迟发性神经毒性的有机磷酸酯化合物是三邻甲苯基磷酸酯。1930年在美国曾发生了轰动一时的“姜酒事件”，有两万多人饮用掺有三邻甲苯基磷酸酯的牙买加姜酒，十几天后这些人均因饮酒而导致下肢瘫痪，这是一个十分惨痛的教训。1959年在摩洛哥亦有两万多人因食用含有三邻甲苯基磷酸酯的沙拉油而瘫痪。迟发性神经毒性的潜在危险来自两方面，一是职业性的或偶然暴露在高剂量中所产生的影响；二是长期暴露在低剂量下，可能达到中毒最低限量水平时引起的运动失调。
（6）化学致畸作用
是指具有致畸性的化学品或其代谢物，通过母体对胚胎细胞分化和器官形成产生影响，干扰胚胎或胎儿的正常生长发育，而导致仔胎畸形的作用。最早报道的化学致畸作用并不是发生在农药上，而是发生在医药方面。1962年伦兹（w．lenz）等首先报道了孕妇服用安眠药反应停后，发生流产、早产、死产或严重短肢的畸形。农药虽然尚未发生类似的严重事例（因为尚未发现致畸作用十分严重的农药品种），而且一般妇女与农药接触的机会相对较少，但已有动物试验证明某些农药具有这方面的潜在威胁，因此，为了对下一代负责，对我们的人类负责，我们必须严格农药的毒性评价，不让具有化学致畸作用的农药进入市场。
（9）化学致突变作用
即化学诱变源损伤生物的遗传物质，导致不可逆诱变的作用。1943年奥尔巴赫（r．auerbach）和罗布森（j．m．robson）首先发现芥子气能诱发果蝇发生基因突变，随后卡塔纳奇（b．m．cattanach）发现某些化学物质也能引起小鼠发生基因突变。突变是生物进化的基础，只有突变才能发生生物性状的变异和传代，培育出优良的新种，给人类带来益处。但是，环境污染物导致的各种突变往往给人类健康带来威胁或潜在的致癌危险性。