南京企业审计的流程通常包括以下几个关键步骤：
一、审计准备阶段编制审计项目计划：审计机关或会计师事务所首先会根据企业的实际情况和审计需求，编制年度审计项目计划，明确审计的目标、时间和资源分配。
编制审计工作方案：进一步细化审计工作的具体安排，明确审计的范围、内容和重点，以确保审计工作的有序进行。
确定审计组：审计机关或会计师事务所会确定审计组组长，并选派合适的审计人员组成审计组，负责具体的审计工作。
制发审计通知书：在审计实施前，审计组会制发审计通知书，并在实施审计3日前送达被审计企业，确保企业了解并配合即将进行的审计工作。在特殊情况下，经本级人民政府批准，审计组可以直接持审计通知书进行审计。
调查了解：审计组会调查了解被审计企业的基本情况、经营状况、内部控制系统等，评估企业存在重要问题的可能性，并确定相应的审计应对措施。
编制审计实施方案：根据初步了解的情况，审计组会编制详细的审计实施方案，明确审计的具体目标、范围、内容及重点，并制定相应的审计措施。
实施审计：审计组通过查阅企业的财务报表、账目、凭证等资料，以及与企业员工进行沟通，获取充分、适当的审计证据，并作出详细的审计记录。这一过程中可能包括现场审计、分析性程序、符合性测试、实质性测试等多种审计方法。
起草审计报告：审计组根据审计结果起草审计报告，详细阐述审计发现的问题及建议。
征求企业意见：审计报告初稿完成后，审计组会征求被审计企业的意见，确保报告的准确性和公正性。企业应在接到审计报告之日起一定期限内（如10日内）提出书面意见，若无异议则视为同意报告内容。
复核与审理：审计组所在业务部门会对审计报告进行复核，确保报告的完整性和准确性。随后，审计机关审理机构会对复核后的审计报告进行审理，进一步确保报告的质量。
审定与签发：审计报告原则上由审计机关审计业务会议审定，特殊情况下可由审计机关主要负责人授权其他负责人审定。审定后的审计报告由审计机关负责人签发，正式向企业反馈审计结果及建议。
后续审计：根据审计结果和建议，审计机关或会计师事务所可能会进行后续审计，以检查企业是否已采取措施纠正审计发现的问题。
审计档案：审计结束后，审计组会整理审计资料，建立审计档案，以备后续查阅和参考。
以上是南京企业审计的一般流程，具体流程可能会因审计类型、审计目的、审计对象等因素而有所不同。在实际操作中，企业应根据自身情况和审计机构的要求，积极配合审计工作，确保审计工作的顺利进行。