FDI 备案主要由外资委、商务部、发改委和外管局审核。这些部门在 FDI 备案过程中各自承担着重要的职责。发改委负责投资项目立项的核准，只有项目通过核准后，才能正式进入备案程序。商务部主要对项目相关资料和企业信息进行核准，通过审核后会颁发 FDI 备案证书。外资委在整个过程中也发挥着对外国投资进行综合管理和协调的作用。外管局则负责外汇登记等相关事宜，确保资金的合法进出。外国投资者在进行外商直接投资前，应充分了解这些部门的职能和要求，提前做好各项准备工作。
首先是项目前期准备，确定投资项目、目标国家或地区等，进行可行性研究。接着向商务主管部门提交申请材料，包括项目情况说明、投资方信息等，进行外资准入审批。取得商务部门批准后，办理企业工商注册登记，领取营业执照。FDI 投资备案的流程通常如下：在发改委申请投资项目立项，该项目通过核准之后才能正式进行备案程序；提交项目相关资料和企业信息给到商务部进行核准，通过审核后会获得 FDI 备案证书；拿着证书到外管局做一次备案，通过外管局的备案后才可以进行 FDI 外汇登记。FDI 备案模式与 ODI 备案一样，FDI 备案整个外商投资项目管理也分为核准制与备案制两种方式。除了需要就核准制的项目，其余投资类别只需要走备案制即可。根据相关规定，特定情况下的项目需要实行核准制，如《外商投资产业指导目录》中有中方控股（含相对控股）要求的总投资（含增资）3 亿美元及以上鼓励类项目，总投资（含增资）5000 万美元及以上限制类（不含房地产）项目，由国家发展和改革委员会核准等。