农业研究院面临的挑战主要包括以下几个方面：
人才支持不足：农业科技的快速发展需要更多具有创新精神和实践能力的人才，但当前面临人才短缺的问题。
资金投入有限：农业科技的研究与应用需要更多的资金投入，然而目前政府和社会各界的投入力度尚显不足。
技术推广难题：农业科技的推广和应用面临着农民技术接受程度低、农业生产实际情况复杂等难题。
创新链条短板：农业科技前端基础研究和后端科技成果转化存在短板，技术集成化和产业化能力弱。
创新主体职责不清：农业科研院所和高等学校职责分工不明确，科研目标同质化现象突出。
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