1.流通性简单加工、包装、和增值服务:国外采购货物，国内采购包装材料在保税区内进行包装贴标再出口到国外。深圳出口加工区企业可以对所存货物开展不改变货物商品编码的流通性简单加工和临港增值服务,包括分级分类、分拆分拣、分装、组合包装、打膜、加刷码、刷贴标志、该换包装、拼装、拆拼箱等具有商业增值的辅助性作业。
2.全球采购和国际配送:根据需求面向国内外两个市场进行全球采购和国际分拨、配送、深度分销等。国际采购货物保税区内分拣包装分拨分批进口到国内;国内贸易商在国内集中采购货物到保税区仓储，分拣包装,贴标，利用保税区先入先退、保税区仓储加工等功能,为企业解决货物出口退税和保税区代加工包装。
3.国际中转和转口贸易:对国内、国外集装箱货物(包括来自不同国家、地区的)进行快速拆拼、集运、转运至境内外其他目的港。同时，可开展转口贸易.为核心的服务贸易活动，提升口岸功能。代替香港，保税区具有国际转口贸易货物暂存暂免征税功能，办理国际货物的仓储分拣包装贴标，再转口到其它国家。
4.出口货物退运检测维修:在园区设立专业检测维修中心，提供检测、维修服务，延伸保税物流产业链，进-步提升物流园区功能。例如中国出口的平板电脑、手机、机顶盒、玩具、LED灯具、电讯周边产品等因出口到国外需要办理退运检测返工维修的，可以直接退运到保税区仓库再安排人员入区进行返修,货物从国外进入保税区免税，免保证金。
5.商品展示:经园区主管海关批准，园区企业可以在园区综合办公楼专用的展示场所举办商品展示活动。
6.转厂退税:出口转内销、出口复进口,深加工结转替代香港-日游，完成国货出口(退税)复进口物流业务,集合-线和二线海关的多重功能。(目前一日游普通车辆即可，转关才需要监管车)