保税区仓库主要业务如下：
一、发往国外货物因品质或包装退运，须返回工厂检测或维修的;
二、机械设备，机电产品，电子产品，大宗原材料类产品，生产企业出口需要提前办理退税手续，或购买方为国内加工型企业;
三、保税区内国际货运代理业务。在保税区可以开展国际货运代理的业务,就象在保税区外开展国际货运代理业务一样.
四、跨关区转结深加工(转厂)物流业务，保税区与保税物流区及仓库的转关业务:对于很多加工企业,因为核销的缘故,必须先出口到保税区,国内工厂再以手册及一般贸易方式报进口关.而不是直接转厂到终收货厂家,因为保税的货品转厂手续麻烦.
五、国外批量进口，但生产商VMI管理的，需要分次不同时间段供货;
六、进口设备或原材料，因许可证未办理或购买客户未确认等原因需要在港口滞留;
七、加工型企业因海关要求需要完成手册核销，但料件与成品需要转结或退港的