公司在河南三门峡申请EDI许可证的流程如下：
准备申请材料：包括企业营业执照、法人代表身份证、股东身份证明、公司章程、3名主要管理人员及技术人员的身份证扫描件、近三个月的shebao缴费证明、域名注册证书、接入协议及托管商资质等。
提交申请：将准备好的申请材料提交给河南省通信管理局，可以通过线上或线下的方式提交。
审核材料：河南省通信管理局会对申请材料进行审核，包括材料的真实性、完整性、合规性等。
现场核查：在审核通过后，河南省通信管理局会安排现场核查，核实申请企业的实际运营情况。
审核批准：如果现场核查没有问题，河南省通信管理局会审核批准并发放EDI许可证。
申请EDI许可证时需要注意的事项包括：
确保材料的真实性和完整性：所有提交的材料必须真实有效，且按照规定的格式和要求进行整理。
注册资金要求：注册资金需满足100万人民币，可以是认缴，不需要验资报告。
shebao缴纳证明：需要提供公司至少3名人员的近一个月或近三个月的shebao缴纳证明。
经营范围要求：营业执照经营范围需要有“第二类增值电信业务”。
网站要求：需要有一个符合审核要求的网站，并且需要先有ICP备案。
