一、进出口报关，入区退税
深圳出口加工区具有入区退税功能，保税区具有境内关外入区退税政策，办理保税区进出口报关，商检，国内货物进入保税区视同出口，享受出口
二、保税区内开展货物包装、组装、保税简单加工：
保税仓库开展货物简单加工，货物分级分类、分拆分拣、分装、组合包装、打膜、加刷码、刷贴标志、更换包装、拼装等
三、进口货物保税区仓储分批报关：
国外进口货物先进入保税区仓储，在保税区仓库进行货物分拣贴标，包装等，再根据国内买方需求再分批征税进口到国内，为企业减轻全部一起征税的关税压力，和为企业做到零库存。
四、保税区集拼，出口退税，拼柜出口：
很多国外企业在我国进行采购,因品种繁多,单一的供应商供货量达不到整柜发货,若以包柜发货,成本增加很多。如以保税仓库为集散地，要求国内供应商将货物出口到我司仓库，国外供应商进境交到保税区我司仓库，在我司仓库进行分拣，拼箱拼柜，再发到全球各国分销商处，大大降低仓储成本、人工操作成本与运输成本。
案例：
1、某贸易商为某航空公司负责航空旅行套装的采购与包装，在国内采购的产品含（手包、牙膏、牙刷、梳子、浴巾、浴帽）等，因供应商分别在珠三角与浙江等地，分别还要满足各供应商出口退税与买单等功能，同时还需要汇集、分拣、拼装成整套套装出口。利用保税政策国内加贸性质工厂将安排手册转关或清关将货物交到海关监管区，国内一般贸易性质的工厂将以一般贸易清关出口方式交货到海关监管区，贸易商在保税区租赁包装工人，对货物进行分类、组装、再包装等操作，再将货物拼成整柜发到美国指定地。
深圳坪山综合保税区地域优势：
深圳坪山综合保税区地处深圳、东莞、惠州三市交汇处，为广大的加工贸易企业提供便利的通关和物流服务，距深圳宝安机场60公里，至盐田国际集装箱港口、广深铁路编组站均约25公里，离文锦渡、罗湖、皇岗等陆路口岸约40公里，形成了海、陆、空立体交通网络。享有中国开放政策的深圳出口加工区被称作“境内的香港仓库”，中转功能和香港完全一样。实行“境内关外”的运作模式，货物从香港自由进出综保区，报关采用备案制，原料从香港码头下船后在2.5个小时内就可直接运进综保区，具备了香港作为物流中心的一切条件。综保区内的费用比起香港要低很多（存仓费只有香港的1/4，而人工费仅仅是香港人工费的1/8），可以为企业节约大量成本。同时，由于综保区地处深港之间，从综保区向工厂供料快捷方便，为生产供应系统提供了有力的保障。深圳坪山综合保税区是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域，其功能定位为“保税仓储、出口加工、转口贸易、保税检测维修”四大功能。