进口日本菊花石及国外菊花石原石或摆件的清关手续和文件要求相对复杂，以下是根据海关规定和实际操作经验整理的指南：
一、清关手续进口前准备
确定进口货物的性质、用途和归类，了解相关进口政策和税率。
选择合适的运输方式和物流公司，确保货物安全、准时到达。
报关申报
提交进口货物报关单，详细填写货物的名称、规格、数量、价值等信息。
提供必要的单证，如发票、装箱单、提单等。
如需办理进口许可证或特殊许可，应提前向相关部门申请。
税费缴纳
根据海关审定的完税价格，计算并缴纳关税、增值税等税费。
如有减免政策，应提供相关证明文件并办理减免手续。
货物查验
配合海关进行货物查验，确保货物的数量、规格、质量等符合申报要求。
如需进一步检验或鉴定，应配合相关机构进行。
放行与提货
海关审核通过后，办理货物放行手续。
凭提货单等相关单证，到指定地点提取货物。
基本文件
进口合同：明确交易双方的权利和义务，包括货物的名称、规格、数量、价格等。
发票：详细列出货物的名称、数量、单价、总价等，作为海关征税的依据。
装箱单：详细记录货物的包装情况，包括包装箱的数量、尺寸、重量等。
提单：由船运公司或航空公司出具，证明货物的运输情况和交货责任。
特殊文件
原产地证书：证明货物的原产地，有助于确定关税税率和享受优惠关税待遇。
植物检疫证书：对于植物类产品，如菊花石原石或摆件，需要提供植物检疫证书，证明货物符合进口国的植物检疫要求。
放射性监测证明（如适用）：对于可能含有放射性物质的石材，需要提供放射性监测证明，确保货物符合进口国的安全标准。
进口许可证（如适用）：对于部分受限或特殊商品，如某些石材或艺术品，可能需要提前向相关部门申请进口许可证。
其他文件
产品信息表：包括产品的名称、规格、用途、成分等详细信息。
进口货物报关单：详细填写货物的信息、价值、运输方式等，作为报关的核心文件。
委任书：如委托报关代理办理清关手续，需要提供委任书并明确代理权限。
提前了解政策：在进口前，应详细了解进口国的相关政策、税率和规定，确保货物符合进口要求。
准备齐全文件：确保所有文件齐全、准确，避免因文件不全或错误导致清关延误或受阻。
配合海关查验：在货物查验过程中，应积极配合海关人员的工作，确保货物的数量、规格、质量等符合申报要求。
注意税费缴纳：及时缴纳关税、增值税等税费，避免因税费问题导致货物被扣留或处罚。
综上所述，进口日本菊花石及国外菊花石原石或摆件的清关手续和文件要求相对复杂，需要进口商提前了解相关政策、准备齐全文件并积极配合海关工作。同时，选择的报关代理或物流公司也可以为进口商提供更加便捷、高效的清关服务。