有进出口权的企业和没有进出口权的企业在办理出口商登记表认证方面主要有以下区别：
办理主体和名义：
有进出口权的企业：可以以本企业的名义直接办理出口商登记表认证，认证文件上显示的企业信息即为该企业自身的信息，其出口业务开展具有较强的自主性和独立性。
没有进出口权的企业：无法以自己的名义直接办理，通常需要委托有进出口权的贸易公司或的代理机构来办理。此时，认证文件上显示的主体可能是被委托的贸易公司或代理机构，而非实际的出口企业。
提交的材料：
有进出口权的企业：一般需要提供企业自身的营业执照、对外贸易经营者备案登记表、税务登记证、组织机构代码证（已完成三证合一的企业提供统一社会信用代码证）、海关编码证、企业银行开户许可证等能够证明企业合法经营以及具备进出口资质的相关材料。
没有进出口权的企业：除了提供自身的一些基础材料（如营业执照副本等）外，还需要额外提供与委托代理相关的文件，如委托代理协议等，以证明代理关系的合法性。
