1.入区退税。 国内货物进入保税区仓库视同出口，办理货物出口手续，货物进入保税区仓库，享受入区退税政策。无需等到货物从离开保税区。 可以为国内的出口商实现提前退税，降低出口商库存。
2.降低物流成本。 利用物流仓库建立各自的互联网数据中心（IDC）。货物可以在不改变出口申报时海关编码（HS CODE）的情况下自由拆拼，使贸易商与国外客户便于根据实际需要进行订单拉动，将保税区的物流仓库变成自己离境的互联网数据中心。充分利用我国人力成本优势，降低自身在本国进行大批量货物分拣、存储、贴标等可能带来的物流成本。
3.可以快速开展手册核销。 根据我国法律法规，很多来料加工手册需要离境核销，如果需要进行深加工结转，或者与其他出口、中转货物进行集拼出口时，一般常规方法单出口核销。这也就带来了保税区一日游/香港一日游的物流方式，而保税区则可以在政策上限度的提供物流上的便利条件。 保税加工货物只要完成货物出口到保税仓即可办理手册核销。 并且从国内进入保税仓的出口货物可以与国外转口进入保税仓货物进行集拼。
4.供应商退税能缓解资金链压力。 进区视同出口的政策，使得供应商们可以立即提供报关单办理相应退税手续，盘活资金链条，许多出口企业的利润都集中于此。在常规贸易下，全部订单货物在出口后才能退税，导致企业很多时候半年甚至更长时间才能拿到退税款项。
5.针对国内不同性质的出口供货商提供不同性质的报关解决方案。 国内有进出口权的一般贸易出口报关，完成出口退税； 国内加工贸易企业手册出口，完成出口核销；国内没有进出口权的企业出口，买单出口报关。
深圳出口加工区保税仓的功能强大，可以根据企业不同情况，货物来源的不同实现化的物流方案，为企业降低成本，提高物流效率。