使用模板开发扫码点餐小程序虽然有诸多优势，但也存在一些缺点：
1. 功能限制模板小程序通常提供固定的功能模块，用户只能在这些预设的功能中选择和组合。如果用户需要更定制化的功能，可能需要额外付费或者寻找其他解决方案。
2. 性能限制模板小程序可能存在性能上的限制，例如处理速度、并发连接数、存储空间等方面的限制。这些限制可能会影响用户体验和业务运营。
3. 定制化困难由于模板小程序是预先设定好的，所以在定制化方面可能会比较困难。如果用户需要不同于标准模板的界面设计或者功能开发，可能需要与开发商进行深入的合作。
4. 数据安全风险使用模板小程序时，用户需要将数据输入到小程序中，这些数据可能会被存储在开发商的服务器上。如果开发商没有足够的安全措施，可能会导致数据泄露或被恶意攻击者利用。
5. 后期维护困难如果用户在使用模板小程序过程中遇到问题或者需要进行维护，可能需要依赖开发商的帮助和支持。如果开发商无法及时响应或者解决问题的能力不足，可能会影响用户的业务运营。
6. 费用问题虽然模板小程序的价格相对较低，但是如果用户需要更多的定制化服务或者功能，可能需要支付更高的费用。此外，如果用户需要长期使用模板小程序，也需要考虑每年的服务费用和续费问题。
综上所述，使用模板开发扫码点餐小程序时，需要权衡其优缺点，并根据自身的需求和预算做出选择。如果需要更多定制化的功能或者更好的性能和安全保障，建议选择更加灵活和的定制开发服务。