办理医疗机构执业许可证的流程主要包括以下几个步骤：
一、申请设置医疗机构1. 明确申请主体：
1) 申请设置医疗机构必须是独立承担民事责任的单位或个人。
2) 对于个人申请，还需具备当地户口，且经医师执业技术考试考核合格，取得《医师执业证书》，并在一级甲等以上医院连续从事同一专业临床工作五年以上的资格。
2. 准备并提交申请材料：
1) 需要提供设置医疗机构的可行性报告和选址报告。
2) 提交资信证明。
3) 如果是单位申请，还需提供单位相关资质证明。
3. 提交申请：
1) 向所在县卫生行政部门提出申请。
2) 如申请设置二级医院或100张床位以下的医疗机构，需报地级市卫生行政部门审批。
4. 等待审核：
1) 县级卫生行政部门在受理设置申请书之日起30天内，作出是否批准设置的决定。
2) 若批准，则发给《设置医疗机构批准书》。
二、申请医疗机构执业登记1. 准备并提交执业登记材料：
1) 凭《设置医疗机构批准书》向卫生行政部门申请办理医疗机构执业许可证。
2) 提交医疗机构用房产权证明或使用证明、医疗用房平面图。
3) 提交验资证明和资产评估报告。
4) 提交医疗机构法定代表人或主要负责人及各科室负责人名单和相关资格证书、医师执业证书副本、身份证和户口复印件。
5) 提交医疗机构规章制度和技术操作规程。
2. 等待审核与发证：
1) 在受理执业登记之日起45天内，卫生行政部门会对申请材料进行审核验收。
2) 审核合格的，会发给《医疗机构执业许可证》。
3) 审核不合格的，会将审核结果以书面形式通知申请人。