如果员工工伤认定申请未通过，可通过以下方式处理：
了解未通过原因仔细阅读工伤认定部门给出的不予认定工伤决定书，明确未通过的具体原因，常见的原因包括提交材料不充分、申请超过时效、伤害情形不符合工伤认定标准等.
若因提交材料不充分导致未通过，可在规定时间内按照工伤认定部门的要求补充或更正相关材料，再次提交申请。例如，缺少劳动关系证明的，可补充劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等能证明劳动关系的材料；缺少医疗诊断证明的，可补充完整的病历、诊断报告等.
自收到不予认定工伤决定书之日起 60 日内，员工或其近亲属、用人单位可向上一级工伤认定行政机关或所述人民政府提起行政复议。申请行政复议时，需提交行政复议申请书、不予认定工伤决定书、相关证据材料等.
员工或其近亲属、用人单位也可自收到不予认定工伤决定书之日起 90 日内，直接向当地人民法院提起行政诉讼。提起行政诉讼需准备好起诉状、不予认定工伤决定书、相关证据等材料，以证明工伤认定申请应当被支持.
无论选择行政复议还是行政诉讼，都可同时与用人单位进行协商，争取就工伤赔偿等问题达成一致解决方案。通过友好协商，既能节省时间和精力，又能维护双方的关系，避免矛盾进一步激化.