一、申报科技人员清单，没有把累计工作未满183天的人员剔除
这个可以从企业申报的科技人员社保数据中发现。有些企业申报材料中附了科技人员社保缴纳信息，从社保缴纳开始日计算如果当年不满183天，未做剔除的话，可能导致研发费金额确认有误。
二、职工总数和12月社保缴纳的人数完全一致，职工总数可能未按照全年月平均数计算
这个问题比较常见，可能很多申报企业都未注意。一般也不会而被否决，但如果科技人员比例刚好紧按着10%，这个人数计算规则适用错误可能会导致科技人员比例重算后不达标。
三、上传的资料不清楚、缺页、遗漏
这个问题随着各地科技部门组织更加严格的预审后，已经越来越少了。确实在审核过程中还会发现个别企业申报的资料存在类似问题，如果重要信息缺失可能是一票否决了。这个企业自己和代理机构都必须负责。
四、出具专项审计报告的事务所不具备相应的资质
这个还真有出现过。前两年，笔者当地就有一家事务所不满足资质，当年出具的高新报告还不少，所有相关企业都被否了。这个问题，申报企业自己还是要作为一个例行检查，聘请事务所时就要对其资质进行审核确认。
五、专项审计报告中总收入计算错误，导致高品收入比例计算错误
高新口径的总收入等于收入总额减去不征税收入，其收入总额是根据《中华人民共和国企业所得税法》第六条规定确认的，范围是比较广的。审计报告中经常出现的问题包括：递延收益科目和审计报告附注体现有政府补助，未确认收入总额;本期有大额固定资产处置，但仅按照利润表中的资产处置损益口径确认收入总额;收入总额仅包含了营业收入等等。审计报告中能找出这些差错，说明出具报告的事务所是不的，当然企业的财务人员也没做好报告审核的工作。
六、单项审计报告编制基础不一致
财务审计报告的编制基础一般包括小企业会计准则、企业会计制度、企业会计准则，很多事务所出具的报告对此没有太多关注，导致研发费专项报告、高品收入专项报告、年度审计报告中对编制基础的描述不一致，审核人员无法判断企业的编制基础到底是哪个。比如小企业会计准则是不用计提坏账准备的，而企业会计制度和企业会计准则是需要计提的，采用的编制基础不同，对企业终净资产的影响是不同的，而净资产又影响申报企业的创新能力评价得分。
七、审计报告存在低级错误
数字前后不一致，有错别字，公式计算错误，签字盖章不完整等等，都是不应该犯的低级错误。笔者自己亲身经历一个申报项目，事务所出具的报告中有一处把被审计单位的企业名称写错了两个字，可能是应用之前的模板忘了改，审核的时候财务专家通过了，专家组组长是技术出身很严谨，死活不让过。
八、研发费专项审计告，计算研发费比例的销售收入口径未按照所得税申报表的口径计算
事务所出具研发费专项审计报告时，一般天然的是采用年度财务审计报告的数据，容易忘记和所得税申报表核对。这种情况一般出现年度审计报告是相应年度所得税汇算清缴结束后才出具，并对收入进行了调整的时候。
九、科技人员的科技属性较弱
其实申报材料对科技人员信息披露的要求是不高的，但有些企业在申报时会比较详细的披露科技人员信息，审核人员就可以得到更多信息。尤其是科技人员的，学历、公司职务方面，是能看出不少眉目的。比如你很多都是不对口的，学历普遍都是高中及以下，公司职务是财务、市场、生产的，审核人员对你科技人员的定义肯定是要怀疑的。要不你索性就不披露的那么详细。
十、各口径研发费差异较大，且差异说明过分笼统，无法解释差异原因，形同虚设
所得税申报表和年度审计报告研发费口径一般是一致的，都是会计口径，不一致的一般是年度审计报告后续出的，对研发费金额进行了调整。但这两个口径和研发费专项审计报告的口径一般是不一致的，一般会计口径要大于高新口径。其实差异大了，什么原因财务专家心里都有数，尽量写一点吧。
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