价格波动大：以生猪养殖圈养收益系统为例，生猪价格长期处于低位运行，养殖圈养收益系统户长期处于亏损之中。同时，牛羊肉价格也显著下跌，给养殖圈养收益系统户带来了巨大的经济压力。
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成本与盈利压力。养殖圈养收益系统成本高：饲料、疫苗等养殖圈养收益系统用品成本的不断增加，以及养殖圈养收益系统技术的更新换代所带来的投资成本，使得养殖圈养收益系统成本居高不下。盈利空间有限：在养殖圈养收益系统产业链中，只有养殖圈养收益系统户本身在亏损，而其他环节（如卖肉、卖饲料、屠宰等）仍然能够盈利。这导致养殖圈养收益系统户的盈利空间有限，甚至面临亏损。
环境污染与资源限制。环境污染：传统养殖圈养收益系统业存在污染大的问题，很多养殖圈养收益系统场不正规，对农村当地环境造成了很大污染。随着环保政策的日益严格，养殖圈养收益系统企业需要加大环保投入以满足环保要求。